Căn cứ Đề án “Chuyển đổi mô hình và phương pháp quản lý thuế đối với hộ, cá nhân kinh doanh khi xóa bỏ thuế khoán” ban hành kèm theo Quyết định 3389/QĐ-BTC năm 2025, hộ kinh doanh sẽ áp dụng cơ chế kê khai, nộp thuế theo phương pháp mới thay cho thuế khoán. Đáng chú ý, nhóm có doanh thu trên 3 tỷ đồng/năm sẽ quản lý thuế như doanh nghiệp, đặt ra câu hỏi: kê khai thuế ra sao, có nên chuyển lên doanh nghiệp?

Mục Lục 1. Hộ kinh doanh trên 3 tỷ kê khai thuế ra sao sau khi bỏ thuế khoán? 2. HKD “vượt ngưỡng 3 tỷ”: Nên ở lại mô hình 3 hay chuyển sang DN? 3. Nhận định chuyên gia: HKD doanh thu trên 3 tỷ nên cân nhắc chuyển lên doanh nghiệp

1. Hộ kinh doanh trên 3 tỷ kê khai thuế ra sao sau khi bỏ thuế khoán?

Căn cứ Mô hình quản lý thuế đối với hộ, cá nhân kinh doanh khi xóa bỏ thuế khoán ban hành kèm theo Quyết định số 3389/QĐ-BTC năm 2025 của Bộ Tài chính, kể từ khi áp dụng mô hình mới, các hộ kinh doanh có doanh thu trên 3 tỷ đồng/năm sẽ chuyển sang thực hiện kê khai, nộp thuế theo phương pháp như doanh nghiệp, không còn áp dụng thuế khoán. Cụ thể:

Thuế GTGT: Áp dụng phương pháp khấu trừ.

Công thức xác định: Thuế GTGT phải nộp = Thuế GTGT đầu ra – Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ.

Thuế TNCN: Tính trên thu nhập tính thuế × thuế suất 17%, trong đó thu nhập tính thuế = doanh thu – chi phí hợp lý.

Kỳ kê khai:

- Doanh thu năm trên 50 tỷ đồng: kê khai theo tháng.

- Doanh thu năm từ 3 đến 50 tỷ đồng: kê khai theo quý.

- Cuối năm thực hiện quyết toán thuế theo quy định.

Hóa đơn: Bắt buộc sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế hoặc hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền.

Sổ sách kế toán: Phải áp dụng chế độ kế toán dành cho doanh nghiệp siêu nhỏ hoặc doanh nghiệp vừa.

Phương pháp tính thuế: Áp dụng như doanh nghiệp, được khấu trừ thuế GTGT đầu vào ngay từ kỳ kê khai đầu tiên.

Hoạt động qua sàn thương mại điện tử:

- Trường hợp sàn có chức năng thanh toán: sàn sẽ khấu trừ, kê khai và nộp thay thuế GTGT, TNCN theo tỷ lệ phần trăm trên doanh thu. Nếu doanh thu cuối năm dưới 200 triệu đồng, người nộp thuế được xử lý hoàn số thuế đã nộp thừa.

- Trường hợp sàn không có chức năng thanh toán: hộ, cá nhân phải tự kê khai và nộp thuế theo từng lần phát sinh, theo tháng hoặc quý.

Chính sách hỗ trợ:

Cơ quan thuế sẽ cung cấp phần mềm kế toán miễn phí, hỗ trợ triển khai hóa đơn điện tử, tư vấn pháp lý, đồng thời khuyến khích chuyển đổi lên doanh nghiệp để được hưởng ưu đãi theo Nghị quyết 68 và Nghị quyết 198.

Việc áp dụng đầy đủ chế độ kê khai, kế toán và hóa đơn như doanh nghiệp khiến nhiều hộ kinh doanh lớn cần cân nhắc khả năng chuyển đổi lên mô hình doanh nghiệp để phù hợp dài hạn và tận dụng chính sách ưu đãi.

2. HKD “vượt ngưỡng 3 tỷ”: Nên ở lại mô hình 3 hay chuyển sang DN?

Căn cứ Đề án ban hành kèm Quyết định 3389/QĐ-BTC năm 2025, khi hộ kinh doanh vượt ngưỡng 3 tỷ đồng doanh thu, việc tiếp tục ở lại mô hình 3 hay chuyển sang doanh nghiệp trở thành vấn đề cần cân nhắc. Cùng nhìn nhận qua 10 khía cạnh dưới đây.

2.1. Thuế GTGT: Quyền khấu trừ và yêu cầu quản lý chứng từ

Mô hình số 3 (hộ kinh doanh):

Theo Đề án ban hành kèm Quyết định 3389/QĐ-BTC năm 2025, hộ có doanh thu trên 3 tỷ đồng bắt buộc áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT. Như vậy:

- Hộ phải xuất hóa đơn đầu ra, kê khai thuế GTGT đầy đủ và được khấu trừ thuế GTGT đầu vào hợp lệ nếu có đủ hóa đơn, chứng từ.

- Quy định này nhằm đảm bảo công bằng thuế giữa hộ và doanh nghiệp, tránh mất quyền khấu trừ khi mua hàng hóa, dịch vụ.

- Tuy nhiên, để đáp ứng yêu cầu này, hộ phải nâng cấp hệ thống kế toán, chứng từ, đồng thời triển khai hóa đơn điện tử theo đúng quy định.

Mô hình doanh nghiệp:

Doanh nghiệp cũng kê khai theo phương pháp khấu trừ, nhưng có lợi thế rõ rệt về:

- Quy trình kế toán chuẩn hóa, dễ kiểm soát đầu vào – đầu ra.

- Khả năng hoàn thuế GTGT thuận lợi, đặc biệt với đơn vị có đầu vào lớn.

- Hệ thống hóa đơn điện tử chuyên nghiệp, giúp chứng minh chi phí đầu vào dễ dàng hơn.

=> Khi hộ đã áp dụng mô hình khấu trừ, sự khác biệt về bản chất tính thuế so với doanh nghiệp không lớn, nhưng doanh nghiệp có ưu thế trong quản trị chứng từ và hoàn thuế.

=> Ý nghĩa thực tiễn:

- Dù theo mô hình nào, người nộp thuế đều phải có hóa đơn điện tử, chứng từ hợp lệ và sổ sách kế toán rõ ràng để được khấu trừ VAT.

- Nếu hộ không đủ năng lực kế toán – chứng từ, nguy cơ bị loại chi phí hoặc không được hoàn thuế sẽ cao, đây là yếu tố quan trọng cần cân nhắc khi doanh thu tăng mạnh.

2.2. Thuế thu nhập: TNCN 17% hay TNDN + thuế cổ tức?

Mô hình 3 (hộ kinh doanh): Theo Đề án kèm Quyết định 3389/QĐ-BTC, nhóm hộ có doanh thu trên 3 tỷ đồng sẽ nộp thuế thu nhập cá nhân theo tỷ lệ lợi nhuận 17%.

Cách tính:

 → Thuế = 17% × (Doanh thu – Chi phí hợp lệ).

Mô hình doanh nghiệp: Áp dụng thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN). Luật TNDN 2025 quy định thuế suất phân tầng, ví dụ:

- Doanh thu 3–50 tỷ đồng: thuế suất 17%.

- Doanh thu trên 50 tỷ đồng: thuế suất 20%

Sau khi nộp TNDN, phần lợi nhuận rút về dưới dạng cổ tức còn phải chịu thuế TNCN 5% (trừ một số trường hợp đặc biệt của công ty TNHH MTV khi chủ không nhận lương).

Ví dụ minh họa:

- Doanh thu: 4 tỷ đồng

- Chi phí hợp lệ: 2,5 tỷ đồng.

- Lợi nhuận: 1,5 tỷ đồng

Mô hình	Thuế phải nộp	Lợi nhuận sau thuế
Hộ KD (17%)	255 triệu	1,245 tỷ
DN (CIT 17% + 5% cổ tức)	255 triệu + 62,25 triệu	1,18275 tỷ

=> Trong ví dụ này, mô hình hộ kinh doanh còn lại nhiều hơn khoảng 62 triệu đồng, do không phải nộp thêm thuế cổ tức. Tuy vậy, con số thực tế còn tùy vào cách công ty chi trả cho chủ (lương, cổ tức) và khả năng hạch toán chi phí hợp lệ.

2.3. Chi phí tiền lương của chủ: Có được trừ khi tính thuế TNDN?

Mô hình doanh nghiệp:

Theo quy định pháp luật thuế hiện hành và các hướng dẫn cập nhật năm 2025, tiền lương, tiền công trả cho chủ doanh nghiệp tư nhân hoặc chủ công ty (người đồng thời là chủ sở hữu) không được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.

→ Nghĩa là khoản chi này không làm giảm lợi nhuận tính thuế, dẫn đến số thuế TNDN phải nộp cao hơn.

Trên thực tế, nếu doanh nghiệp vẫn chi trả lương cho chủ nhưng hồ sơ không đầy đủ (thiếu hợp đồng lao động, quyết định bổ nhiệm, bảng lương, chứng từ chi trả, kê khai BHXH...), cơ quan thuế thường loại khoản này khi thanh tra/kiểm tra → lợi nhuận tính thuế tăng → thuế TNDN tăng tương ứng.

Mô hình hộ kinh doanh (nhóm 3):

Chủ hộ không cần lập bảng lương cho chính mình. Lợi nhuận sau khi tính thuế TNCN 17% được rút trực tiếp, không phát sinh bước chứng minh “lương của chủ” như doanh nghiệp.

Nếu sau này cơ chế tính thuế TNCN nhóm này giữ nguyên, quy định về lương chủ cũng không tạo ra khác biệt lớn giữa hai mô hình.

Lưu ý thực tế cho kế toán:

Nếu doanh nghiệp dự kiến “chia nhỏ” lợi nhuận bằng cách trả lương cao cho chủ để giảm thuế TNDN, cần chuẩn bị kỹ hồ sơ pháp lý - hợp đồng lao động, cơ cấu tổ chức rõ ràng, quyết định bổ nhiệm, kê khai BHXH đầy đủ… Cơ quan thuế giám sát rất chặt các khoản trả cho người điều hành đồng thời là chủ sở hữu, và thường không chấp nhận trừ nếu hồ sơ không chuẩn.

2.4. Quyết toán thuế, kế toán và chi phí tuân thủ

Mô hình hộ kinh doanh (nhóm 3):

Từ 01/01/2026, hộ phải chuyển sang tự khai – tự nộp, gồm kê khai VAT theo phương pháp khấu trừ, kê khai TNCN, quản lý sổ sách rõ ràng.

- Ưu điểm: thủ tục quyết toán đơn giản hơn doanh nghiệp.

- Hạn chế: khi quy mô lớn, hồ sơ thiếu chuyên nghiệp dễ bị truy thu.

Mô hình doanh nghiệp:

Phải tuân thủ đầy đủ chuẩn mực kế toán, lập báo cáo tài chính, quyết toán TNDN hàng năm, có thể bị kiểm toán, kèm chuỗi báo cáo VAT – lao động – BHXH – lợi nhuận, cổ tức.

→ Chi phí tuân thủ cao hơn (kế toán, kiểm toán, tư vấn) nhưng đổi lại có môi trường pháp lý minh bạch, thuận lợi cho phát triển và huy động vốn.

2.5. Rủi ro pháp lý và lợi thế kinh doanh

Mô hình doanh nghiệp: Có tư cách pháp nhân, trách nhiệm hữu hạn, thuận lợi khi ký kết hợp đồng, vay vốn, huy động vốn và mở rộng quy mô. Phù hợp với các cơ sở có định hướng phát triển dài hạn, cần tuyển dụng, hợp tác B2B hoặc tham gia các chuỗi cung ứng lớn.

Mô hình hộ kinh doanh: Thích hợp với chủ muốn duy trì quy mô nhỏ, thủ tục đơn giản, rút lợi nhuận trực tiếp. Tuy nhiên, khi doanh thu tăng, việc thiếu báo cáo tài chính, hóa đơn đầy đủ và năng lực pháp lý có thể trở thành rào cản trong giao dịch với doanh nghiệp lớn, ngân hàng hoặc các đối tác chuyên nghiệp.

2.6. Tác động của Luật Thuế TNDN 2025 khi cân nhắc chuyển đổi

Luật Thuế TNDN 2025 (hiệu lực từ 01/10/2025) có nhiều thay đổi quan trọng:

- Phân tầng thuế suất rõ ràng, áp dụng mức ưu đãi cho doanh nghiệp nhỏ và vừa.

- Siết chặt chi phí được trừ, đặc biệt với các khoản chi mang tính cá nhân, chi lương không đủ hồ sơ hoặc không phục vụ hoạt động SXKD.

- Quy định chuyển lỗ, khấu trừ chi phí được cụ thể hóa, yêu cầu chứng từ và hạch toán chuẩn hơn.

Trước khi chuyển từ hộ sang công ty, cần rà soát toàn bộ chi phí, hợp đồng, chứng từ để phù hợp với chuẩn kế toán và quy định thuế mới, tránh rủi ro bị loại chi khi quyết toán.

2.7. Checklist pháp lý & kế toán trước khi chuyển đổi

Trước khi quyết định giữ mô hình hộ hay chuyển lên doanh nghiệp, cần chuẩn bị kỹ về pháp lý – kế toán để tránh rủi ro sau này:

- Rà soát cơ sở pháp lý: Đề án ban hành kèm Quyết định 3389/QĐ-BTC và văn bản hướng dẫn từ Bộ Tài chính, Cục Thuế địa phương.

- Lập kế hoạch tài chính 12–36 tháng: dự báo doanh thu, chi phí, lợi nhuận và so sánh nghĩa vụ thuế ròng của hai mô hình.

- Chuẩn hóa chứng từ kế toán: hóa đơn điện tử, thanh toán không tiền mặt, hợp đồng mua – bán, hồ sơ với đối tác.

- Nếu chuyển lên doanh nghiệp: cần chuẩn bị HĐLĐ, quyết định bổ nhiệm, quy chế lương, chứng từ trả lương qua ngân hàng, đăng ký và đóng BHXH đầy đủ để được tính chi phí hợp lệ.

- Đánh giá tác động của Luật TNDN 2025: xác định các khoản chi có nguy cơ bị loại và điều chỉnh hồ sơ trước khi chuyển đổi.

2.8. Khuyến nghị thực tế cho chủ hộ và kế toán

Tùy theo mục tiêu kinh doanh, việc giữ mô hình hộ hay chuyển sang doanh nghiệp sẽ có ưu – nhược điểm khác nhau:

- Nếu ưu tiên lợi nhuận rút ngắn hạn, doanh thu chỉ vừa vượt ngưỡng 3 tỷ, giữ mô hình hộ (mô hình 3) có thể lợi hơn về thuế do không phát sinh thuế cổ tức. Tuy nhiên, cần tính đến rủi ro pháp lý và năng lực quản trị về lâu dài.

- Nếu hướng tới mở rộng quy mô, ký hợp đồng lớn, vay vốn ngân hàng, tuyển dụng nhân sự hoặc tìm nhà đầu tư, việc chuyển sang công ty là bước tất yếu để tăng uy tín và tiếp cận nguồn lực.

Khi chuyển đổi, kế toán và chủ hộ cần chuẩn bị:

- Cơ cấu lương – cổ tức hợp lý: xây dựng HĐLĐ, quyết định bổ nhiệm, quy chế lương rõ ràng và hồ sơ BHXH đầy đủ để tránh bị loại chi.

- Kế hoạch rút tiền tối ưu: kết hợp giữa lương và cổ tức để hạn chế đánh thuế hai lần không cần thiết.

- Hệ thống chứng từ – kế toán đạt chuẩn: hóa đơn điện tử, sổ sách kế toán rõ ràng để được khấu trừ VAT và ghi nhận chi phí hợp lệ.

- Chuẩn bị quyết toán – kiểm toán: thiết lập quy trình lưu trữ chứng từ, hợp đồng, biên bản thanh toán sẵn sàng cho kiểm tra thuế khi quy mô tăng.

2.9. Checklist hành động trước khi quyết định chuyển đổi

Trước khi lựa chọn giữ mô hình hộ hay chuyển sang doanh nghiệp, chủ hộ và kế toán nên thực hiện một loạt bước kiểm tra thực tế để có cơ sở ra quyết định:

- Rà soát doanh thu 12 tháng tới: xác định doanh thu có vượt ngưỡng 3 tỷ một cách ổn định hay chỉ mang tính thời điểm. Đây là yếu tố quyết định việc áp dụng bắt buộc mô hình 3.

- Tổng hợp dòng tiền và chi phí hợp lý: tính toán lợi nhuận ước tính và tỷ lệ lợi nhuận thực tế để xác định nghĩa vụ thuế tương ứng theo từng mô hình.

- Đánh giá năng lực chứng từ: kiểm tra hệ thống hóa đơn đầu vào, hợp đồng và chứng từ thanh toán. Nếu còn yếu, cần củng cố trước khi áp dụng phương pháp khấu trừ.

- Chuẩn bị hồ sơ nhân sự – pháp lý nếu thành lập công ty: xây dựng HĐLĐ, quy chế lương thưởng, quyết định bổ nhiệm giám đốc, tổ chức đóng BHXH; đồng thời kiểm tra khả năng được tính lương chủ vào chi phí hợp lý.

- Lập kịch bản thuế tổng thể: so sánh hai phương án:

+ (A) Hộ kinh doanh mô hình 3 (TNCN 17%).

+ (B) Công ty (CIT + thuế cổ tức hoặc lương chủ).

=> Từ đó, tính toán số tiền thực nhận dựa trên ví dụ cụ thể để lựa chọn phương án tối ưu.

2.10. Cân nhắc chiến lược, không chỉ là bài toán thuế

Dưới đây là một số điểm quan trọng doanh nghiệp cần lưu ý trước khi chuyển đổi:

Về thuế trực tiếp: khi thuế suất TNDN 17% áp dụng, mức thuế thực tế giữa mô hình hộ (TNCN 17%) và công ty tương đương. Khác biệt chính nằm ở thuế cổ tức 5% khi rút lợi nhuận và khả năng công ty ghi nhận chi phí hợp lệ, đặc biệt nếu doanh nghiệp có nhiều khoản chi được chấp nhận.

Về chi phí lương chủ: đây là điểm pháp lý nhạy cảm. Việc đưa lương chủ vào chi phí được trừ không đơn giản và đòi hỏi hồ sơ, quy chế, chứng từ rất chặt chẽ.

Về định hướng dài hạn:

- Nếu mục tiêu là mở rộng, huy động vốn, phát triển bền vững, mô hình công ty phù hợp hơn dù chi phí tuân thủ cao.

- Nếu ưu tiên tối đa hóa lợi nhuận rút ra ngắn hạn, mô hình hộ (mô hình 3) có thể lợi hơn, nhưng phải quản trị chứng từ và tuân thủ nghiêm để giảm rủi ro về sau.

Việc lựa chọn mô hình không chỉ là bài toán thuế, mà là quyết định mang tính chiến lược về quản trị và định hướng phát triển.

3. Nhận định chuyên gia: HKD doanh thu trên 3 tỷ nên cân nhắc chuyển lên doanh nghiệp

Theo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 (có hiệu lực từ 1/10/2025), doanh nghiệp có doanh thu năm từ trên 3 tỷ đến 50 tỷ đồng được áp dụng thuế suất 17%, thấp hơn đáng kể so với mức thuế khoán hiện nay.

Ngoài ra, theo Nghị quyết 198/2025/NQ-QH15, doanh nghiệp nhỏ và vừa còn được miễn thuế TNDN trong 3 năm đầu kể từ khi được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, tạo dư địa tài chính đáng kể cho giai đoạn khởi đầu.

Ông Nguyễn Văn Được, Phó Chủ tịch Hội Tư vấn Thuế Việt Nam, cho rằng nhóm hộ kinh doanh có doanh thu từ trên 3 tỷ đồng/năm cơ bản đã vận hành tương tự doanh nghiệp nhỏ và vừa, nên việc chuyển đổi là cần thiết để tận dụng ưu đãi. Ông nhấn mạnh: “Hộ kinh doanh chuyển lên doanh nghiệp, nếu quản trị tốt thì 3 năm đầu tiên hầu như không phải đóng đồng thuế nào.”

Chuyên gia kinh tế Nguyễn Quang Huy (Khoa Tài chính – Ngân hàng, Trường Đại học Nguyễn Trãi) cũng nhận định việc khuyến khích nhóm hộ có doanh thu trên 3 tỷ đồng chuyển lên doanh nghiệp là xu hướng hợp lý.

Tuy nhiên, để quá trình chuyển đổi diễn ra hiệu quả, ông cho rằng cần gói hỗ trợ toàn diện: miễn, giảm lệ phí đăng ký; hỗ trợ kế toán, kê khai; đào tạo kỹ năng quản trị và ứng dụng công nghệ. Ông đề xuất cơ quan thuế nên đồng hành trong 5 năm đầu thông qua các chương trình tập huấn quyết toán thực tế, giúp doanh nghiệp mới vận hành ổn định và tuân thủ bền vững.

KẾT LUẬN

Tóm lại, việc chuyển từ hộ kinh doanh sang mô hình doanh nghiệp không chỉ là thay đổi hình thức pháp lý, mà còn là bước ngoặt về quản trị, kế toán – thuế và tuân thủ pháp luật.

Doanh nghiệp cần chuẩn bị kỹ về hồ sơ, quy trình nội bộ, chính sách kế toán, đồng thời nắm chắc các quy định mới như Luật TNDN 2025 để tránh rủi ro và tận dụng ưu đãi.

Chuẩn bị sớm, chuyển đúng thời điểm và có lộ trình rõ ràng sẽ giúp quá trình chuyển đổi diễn ra thuận lợi, giảm chi phí và nâng cao hiệu quả hoạt động sau khi “lên đời” doanh nghiệp.

Dương Thúy.

Trong thời đại chuyển đổi số mạnh mẽ cùng với yêu cầu siết chặt quản lý thuế, Phần mềm hóa đơn điện tử E-invoice của Công ty Phát triển Công nghệ Thái Sơn là công cụ đắc lực giúp doanh nghiệp quản lý hóa đơn điện tử hiệu quả và đúng quy định. Theo đó, giúp doanh nghiệp tối ưu quy trình kế toán, giảm thiểu sai sót và nâng cao hiệu quả hoạt động. Liên hệ ngay theo đường dây nóng 24/7 để được tư vấn và dùng thử hoàn toàn MIỄN PHÍ: - Miền Bắc: 1900 4767. - Miền Nam/Trung: 1900 4768.