Việc kê khai sai thuế GTGT đầu vào có thể dẫn đến phạt chậm nộp, truy thu, thậm chí bị xử lý hành chính về hóa đơn, chứng từ. Do đó, trong quá trình kê khai thuế doanh nghiệp cần hết sức cẩn trọng. Dưới đây là những rủi ro thường gặp khi kê khai thuế GTGT đầu vào mà doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý.

Mục Lục 1. Khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với các khoản không có chứng từ hợp lệ 2. Kê khai thuế GTGT đầu vào của những hóa đơn từ nhà cung cấp không còn hoạt động hoặc có rủi ro cao 3. Bỏ sót hóa đơn đầu vào hoặc kê khai sai kỳ thuế 4. Kê khai thuế GTGT theo quy định cũ mà không cập nhật quy định mới 5. Không lưu trữ chứng từ, hóa đơn điện tử theo quy định

1. Khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với các khoản không có chứng từ hợp lệ

Căn cứ theo Khoản 2, Điều 14, Luật thuế Giá trị gia tăng 2024 và Điều 25, Nghị định 181/2025/NĐ-CP thì doanh nghiệp chỉ được khấu trừ thuế trong trường hợp:

- Cơ sở kinh doanh phải có hóa đơn GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài (bao gồm cả chứng từ nộp thuế GTGT theo tỷ lệ % nhân với doanh thu thay cho phía nước ngoài).

- Đối với hóa đơn từ 5 triệu đồng trở lên phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

- Hóa đơn, chứng từ cần đảm bảo đúng tên, mã số thuế, hóa đơn được lập theo đúng quy định của Pháp luật về hóa đơn, chứng từ và đã hoàn tất thanh toán.

Lỗi kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào cho hóa đơn không hợp lệ là một trong những lỗi phổ biến nhất.  Các trường hợp không có hóa đơn, chứng từ hợp lệ thì không đủ điều kiện khấu trừ đầu vào và bị loại khi quyết toán.

Biện pháp khắc phục:

Kiểm tra đối soát kỹ lưỡng hóa đơn, chứng từ đầu vào, thanh toán bằng tiền chuyển khoản khi mua bán. Trường hợp ủy quyền cho nhân viên mua hộ thì yêu cầu nhân viên chuyển khoản thanh toán.

2. Kê khai thuế GTGT đầu vào của những hóa đơn từ nhà cung cấp không còn hoạt động hoặc có rủi ro cao

Trường hợp doanh nghiệp mua hàng hóa, dịch vụ từ doanh nghiệp không còn hoạt động thực tế, hoặc bị cơ quan thuế xác định là rủi ro cao, phát hành hóa đơn không hợp pháp. Trong trường hợp này, toàn bộ thuế GTGT đầu vào trên hóa đơn đó không được khấu trừ và doanh nghiệp mua còn có thể bị liên đới trách nhiệm.

Biện pháp khắc phục:

Doanh nghiệp nên tra cứu mã số thuế, tình trạng hoạt động của đối tác trên Cổng thông tin của Cục Thuế, chỉ mua hàng hóa khi nhà cung cấp còn hoạt động và không bị cấm phát hành hóa đơn để phòng tránh rủi ro.

3. Bỏ sót hóa đơn đầu vào hoặc kê khai sai kỳ thuế

Các kế toán mới thường mắc phải lỗi bỏ sót hóa đơn hoặc kê khai nhầm kỳ thuế (ví dụ: hóa đơn tháng 6 trước kê khai sang tháng 7, hóa đơn năm trước kê khai thuế vào năm sau). Các lỗi này cũng thường gặp trong các doanh nghiệp có khối lượng giao dịch lớn. 

Việc kê khai nhầm kỳ tính thuế dẫn đến tính thuế sai, mặc dù doanh nghiệp có thể kê khai bổ sung trong 6 tháng kể từ kỳ phát sinh, nhưng nếu phát hiện muộn, có thể mất quyền khấu trừ và ảnh hưởng đến số thuế GTGT được hoàn hoặc giảm trừ.

Biện pháp khắc phục: 

- Kiểm tra số lượng và đối soát hóa đơn hàng ngày.

- Bổ sung hóa đơn ngay khi phát hiện kê khai thiếu để hạn chế việc bị phạt.

4. Kê khai thuế GTGT theo quy định cũ mà không cập nhật quy định mới

Hệ thống pháp luật thuế, đặc biệt là về hóa đơn điện tử và khấu trừ thuế GTGT, được điều chỉnh để phù hợp với từng giai đoạn từng thời kỳ. Do đó việc áp dụng các quy định cũ có thể dẫn đến:

- Tính sai mức thuế.

- Phân loại đối tượng chịu thuế sai.

- Không nộp đơn miễn giảm thuế.

Trường hợp doanh nghiệp vẫn áp dụng quy định cũ, không cập nhật quy định mới sẽ kê khai theo thói quen, dẫn đến sai sót khi nộp tờ khai thuế điện tử.

Biện pháp khắc phục: 

- Theo dõi và cập nhật các quy định mới trên cổng thông tin của Cục thuế thường xuyên

- Chủ động thay đổi đúng thời hạn khi luật mới được áp dụng.

5. Không lưu trữ chứng từ, hóa đơn điện tử theo quy định

Theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP, doanh nghiệp có trách nhiệm lưu trữ hóa đơn điện tử, chứng từ liên quan đến kê khai thuế theo luật kế toán (thông thường là 10 năm).

Việc thất lạc, mất dữ liệu, không đảm bảo tính toàn vẹn của hóa đơn điện tử có thể khiến cơ quan thuế không chấp nhận khấu trừ, hoặc yêu cầu giải trình, xác minh phức tạp.

Biện pháp khắc phục: 

- Sử dụng phần mềm hóa đơn điện tử của các đơn vị uy tín để tối ưu việc quản lý hóa đơn, chứng từ.

- Trường hợp hóa đơn, chứng từ giấy cần lưu, bảo quản trong tủ có khóa, tránh ẩm ướt và côn trùng.

Trên đây là 5 rủi ro thường gặp và biện pháp khắc phục khi kê khai thuế GTGT đầu vào doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý.  Để hạn chế sai sót và rủi ro phát sinh doanh nghiệp cần xây dựng quy trình kiểm soát nội bộ chặt chẽ, thường xuyên rà soát tính hợp lệ của hóa đơn đầu vào.

Đồng thời chủ động cập nhật kịp thời các quy định thuế mới liên quan đến hóa đơn, chứng từ và thuế theo đó góp phần nâng cao tính minh bạch và hiệu quả tài chính trong hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp.

Thu Hương.

Trong thời đại chuyển đổi số mạnh mẽ cùng với yêu cầu siết chặt quản lý thuế, Phần mềm hóa đơn điện tử E-invoice của Công ty Phát triển Công nghệ Thái Sơn là công cụ đắc lực giúp doanh nghiệp quản lý hóa đơn điện tử hiệu quả và đúng quy định. Theo đó, giúp doanh nghiệp tối ưu quy trình kế toán, giảm thiểu sai sót và nâng cao hiệu quả hoạt động. Liên hệ ngay theo đường dây nóng 24/7 để được tư vấn và dùng thử hoàn toàn MIỄN PHÍ: - Miền Bắc: 1900 4767. - Miền Nam/Trung: 1900 4768.