Ngày 31/12/2025, Chính phủ đã ban hành Nghị định 359/2025/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung một số quy định của Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Nghị định mới, có hiệu lực từ ngày 01/01/2026, tập trung làm rõ chính sách thuế GTGT đối với hàng hóa nông – lâm – thủy sản và bãi bỏ các điều kiện hoàn thuế GTGT liên quan đến người bán, qua đó tháo gỡ nhiều vướng mắc cho doanh nghiệp trong quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế.

Mục Lục 1. Bổ sung quy định về đối tượng không chịu thuế GTGT đối với sản phẩm sơ chế 1.1. Trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT 1.2. Trường hợp phải áp dụng thuế suất 5% 1.3. Trường hợp nộp thuế theo phương pháp trực tiếp 1.4. Điểm cần lưu ý 2. Bãi bỏ thời điểm áp dụng điều kiện hoàn thuế GTGT 3. Bãi bỏ điều kiện hoàn thuế GTGT liên quan đến việc người bán đã kê khai, nộp thuế 3.1. Quy định đã bị bãi bỏ 3.2. Ý nghĩa pháp lý 4. Miễn điều kiện về người bán đối với hồ sơ hoàn thuế GTGT nộp trước ngày 01/01/2026

1. Bổ sung quy định về đối tượng không chịu thuế GTGT đối với sản phẩm sơ chế

Tại Khoản 1, Điều 1, Nghị định 359/2025/NĐ-CP, Chính phủ đã bổ sung Khoản 1b vào sau Khoản 1, Điều 4, Nghị định 181/2025/NĐ-CP, nhằm phân định rõ ràng các trường hợp không chịu thuế và chịu thuế GTGT đối với sản phẩm nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy sản chưa chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường.

1.1. Trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT

Theo quy định mới, doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ khi:

- Mua sản phẩm nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy sản chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường.

- Bán lại cho doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khác ở khâu kinh doanh thương mại.

Các trường hợp này không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT, nhưng vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo quy định.

1.2. Trường hợp phải áp dụng thuế suất 5%

Đối với doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, nếu bán các sản phẩm nêu trên cho:

- Hộ, cá nhân sản xuất, kinh doanh.

- Các tổ chức, cá nhân khác.

Các trường hợp này phải kê khai, tính nộp thuế GTGT với thuế suất 5%, theo Khoản 3, Điều 19, Nghị định 181/2025/NĐ-CP.

1.3. Trường hợp nộp thuế theo phương pháp trực tiếp

Đối với hộ, cá nhân sản xuất, kinh doanh; doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã và tổ chức kinh tế khác nộp thuế GTGT theo phương pháp tính trực tiếp, khi bán các sản phẩm:

- Cây trồng, rừng trồng.

- Chăn nuôi.

- Thủy sản nuôi trồng, đánh bắt.

- Chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường.

Cụ thể, các trường hợp này nộp thuế ở khâu kinh doanh thương mại, thì thuế GTGT phải nộp được xác định theo tỷ lệ 1% trên doanh thu.

1.4. Điểm cần lưu ý

Quy định mới giúp làm rõ cách áp dụng thuế GTGT theo từng chủ thể và phương pháp tính thuế, hạn chế nhầm lẫn giữa đối tượng không chịu thuế, chịu thuế suất 5% và tính thuế theo tỷ lệ trực tiếp, đồng thời tạo thuận lợi trong thực hiện nghĩa vụ thuế đối với lĩnh vực nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy sản.

2. Bãi bỏ thời điểm áp dụng điều kiện hoàn thuế GTGT

Tại Khoản 2, Điều 1, Nghị định 359/2025/NĐ-CP, Chính phủ đã bãi bỏ Khoản 3, Điều 37 và Khoản 3, Điều 39, Nghị định 181/2025/NĐ-CP – các quy định trước đây liên quan đến điều khoản chuyển tiếp về thời điểm áp dụng điều kiện hoàn thuế GTGT.

Cụ thể, Nghị định 181/2025/NĐ-CP từng quy định:

Điều 39. Điều khoản chuyển tiếp  …  3. Quy định tại khoản 3 Điều 37 Nghị định này áp dụng cho kỳ tính thuế từ tháng 7 năm 2025 hoặc quý III năm 2025.

Tuy nhiên, quy định nêu trên đã chính thức bị bãi bỏ kể từ khi Nghị định 359/2025/NĐ-CP có hiệu lực.

Ý nghĩa pháp lý cần lưu ý:

- Không còn áp dụng mốc thời gian chuyển tiếp (tháng 7/2025 hoặc quý III/2025) đối với điều kiện hoàn thuế GTGT.

- Toàn bộ các điều kiện hoàn thuế GTGT liên quan đến người bán được quy định tại Nghị định 181/2025/NĐ-CP đều bị bãi bỏ, không phân biệt thời điểm phát sinh kỳ tính thuế.

- Việc xét hoàn thuế GTGT được thực hiện theo quy định hiện hành sau khi đã loại bỏ các điều kiện này, đảm bảo thống nhất và minh bạch trong áp dụng pháp luật.

3. Bãi bỏ điều kiện hoàn thuế GTGT liên quan đến việc người bán đã kê khai, nộp thuế

Tại Khoản 2, Điều 1, Nghị định 359/2025/NĐ-CP, Chính phủ tiếp tục bãi bỏ Khoản 3, Điều 37, Nghị định 181/2025/NĐ-CP – quy định về điều kiện hoàn thuế GTGT gắn với nghĩa vụ kê khai, nộp thuế của người bán. Đây được xem là thay đổi quan trọng, giảm đáng kể rủi ro pháp lý cho người mua khi thực hiện thủ tục hoàn thuế.

3.1. Quy định đã bị bãi bỏ

Trước khi bị bãi bỏ, Khoản 3, Điều 37, Nghị định 181/2025/NĐ-CP yêu cầu việc hoàn thuế GTGT của cơ sở kinh doanh phụ thuộc trực tiếp vào tình trạng kê khai, nộp thuế của người bán, với các điều kiện cụ thể như sau:

- Tại thời điểm nộp hồ sơ hoàn thuế, người bán phải đã nộp hồ sơ khai thuế GTGT theo quy định và không còn nợ thuế GTGT của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ hoàn thuế của bên mua.

- Cơ quan thuế căn cứ kết quả xử lý của hệ thống công nghệ thông tin tự động tại thời điểm tiếp nhận hồ sơ để xác định việc người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT theo quy định.

- Trường hợp người bán chưa nộp đầy đủ hồ sơ khai thuế GTGT (kể cả chưa đến hạn nộp) hoặc còn nợ thuế GTGT của kỳ tính thuế tương ứng, thì cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế GTGT đối với các hóa đơn phát sinh trong kỳ đó.

3.2. Ý nghĩa pháp lý

Với việc bãi bỏ toàn bộ Khoản 3, Điều 37, điều kiện hoàn thuế GTGT không còn phụ thuộc vào việc người bán đã kê khai, nộp thuế hay chưa. Điều này giúp:

- Loại bỏ tình trạng người mua bị “liên đới rủi ro” do vi phạm nghĩa vụ thuế của người bán.

- Đơn giản hóa quá trình xét hoàn thuế GTGT, tăng tính chủ động và công bằng cho người đề nghị hoàn thuế.

- Bảo đảm nguyên tắc quản lý thuế theo hướng trách nhiệm của chủ thể nào, xử lý chủ thể đó, hạn chế ách tắc hoàn thuế trong thực tế.

Tham khảo: Hóa đơn điện tử; Báo giá hóa đơn điện tử.

4. Miễn điều kiện về người bán đối với hồ sơ hoàn thuế GTGT nộp trước ngày 01/01/2026

Tại Khoản 2, Điều 2, Nghị định 359/2025/NĐ-CP, Chính phủ quy định rõ việc miễn áp dụng điều kiện liên quan đến người bán đối với một số hồ sơ hoàn thuế GTGT đã nộp trước thời điểm 01/01/2026.

Cụ thể, Nghị định 359/2025/NĐ-CP nêu:

“Cơ sở kinh doanh thuộc trường hợp hoàn thuế quy định tại Điều 15 Luật Thuế giá trị gia tăng đã nộp hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng và đã được cơ quan quản lý thuế tiếp nhận trước ngày 01 tháng 01 năm 2026 nhưng cơ quan quản lý thuế chưa ban hành Quyết định hoàn thuế hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước thì không phải đáp ứng điều kiện người bán đã kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định đối với hóa đơn đã xuất cho cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế.”

4.1. Nội dung cần lưu ý

Theo quy định chuyển tiếp này:

- Áp dụng đối với hồ sơ hoàn thuế GTGT thuộc diện hoàn thuế theo Điều 15, Luật Thuế GTGT.

- Hồ sơ đã được cơ quan thuế tiếp nhận trước ngày 01/01/2026.

- Tại thời điểm áp dụng, chưa có Quyết định hoàn thuế hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước.

Trong các trường hợp trên, cơ sở kinh doanh không phải đáp ứng điều kiện người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT đối với các hóa đơn đầu vào.

4.2. Ý nghĩa thực tiễn

Quy định này bảo đảm tính kế thừa và ổn định của chính sách thuế, đồng thời:

- Tháo gỡ vướng mắc cho các hồ sơ hoàn thuế đang chờ giải quyết.

- Tránh phát sinh yêu cầu bổ sung điều kiện mới đối với hồ sơ đã nộp hợp lệ trước thời điểm 01/01/2026.

- Bảo vệ quyền lợi chính đáng của người nộp thuế, hạn chế ách tắc trong xử lý hoàn thuế GTGT.

Có hiệu lực từ 01/01/2026, Nghị định 359/2025/NĐ-CP đánh dấu nhiều điều chỉnh quan trọng trong chính sách thuế GTGT, đặc biệt là việc bãi bỏ các điều kiện hoàn thuế liên quan đến người bán và làm rõ đối tượng không chịu thuế đối với một số nhóm hàng hóa. Các thay đổi này góp phần đơn giản hóa thủ tục, giảm rủi ro pháp lý cho người nộp thuế và bảo đảm việc áp dụng chính sách thuế thống nhất, minh bạch trong giai đoạn mới.

Dương Thúy.

Trong thời đại chuyển đổi số mạnh mẽ cùng với yêu cầu siết chặt quản lý thuế, Phần mềm hóa đơn điện tử E-invoice của Công ty Phát triển Công nghệ Thái Sơn là công cụ đắc lực giúp doanh nghiệp quản lý hóa đơn điện tử hiệu quả và đúng quy định. Theo đó, giúp doanh nghiệp tối ưu quy trình kế toán, giảm thiểu sai sót và nâng cao hiệu quả hoạt động. Liên hệ ngay theo đường dây nóng 24/7 để được tư vấn và dùng thử hoàn toàn MIỄN PHÍ: - Miền Bắc: 1900 4767. - Miền Nam/Trung: 1900 4768.