Việc nộp thừa thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) xảy ra thường xuyên tại nhiều doanh nghiệp. Vậy thủ tục bù trừ thuế TNDN nộp thừa và tiền chậm nộp nộp thừa, tiền phạt nộp thừa như thế nào? doanh nghiệp lưu ý để bảo vệ lợi ích của mình và thực hiện kê khai chính xác.

Thủ tục bù trừ thuế TNDN nộp thừa.

1. Trường hợp được bù trừ tiền thuế TNDN

Trường hợp được bù trừ tiền thuế TNDN nộp thừa và các khoản tiền chậm nộp nộp thừa, tiền phạt nộp thừa căn cứ theo Khoản 1, Điều 25, Thông tư 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021. Theo đó các trường hợp được xử lý bù trừ thuế TNDN gồm:
- Người nộp thuế có số tiền thuế TNDN nộp thừa với số tiền thuế TNDN phải nộp.
- Người nộp thuế có tiền thuế TNDN chậm nộp nộp thừa, tiền phạt thuế TNDN nộp thừa.
Các trường hợp nộp thừa thuế TNDN theo quy định tại Khoản 1 Điều 60 Luật Quản lý thuế thì được xử lý bù trừ hoặc hoàn trả.
Số tiền thuế TNDN nộp thừa được bù trừ với số tiền thuế TNDN phát sinh phải nộp cùng tiểu mục của kỳ tiếp theo phải đáp ứng các điều kiện sau:
- Số tiền thuế TNDN nộp thừa phải có cùng tiểu mục với số tiền thuế TNDN phát sinh phải nộp.
- Số tiền thuế TNDN nộp thừa phải còn thời hạn nộp.
- Số tiền thuế TNDN nộp thừa phải còn trong thời gian hiệu lực của giấy nộp tiền.
>> Tham khảo: Hóa đơn điện tử, Báo giá hóa đơn điện tử.

2. Xử lý bù trừ thuế TNDN nộp thừa

Việc xử lý bù trừ thuế TNDN nộp thừa cần xử lý theo quy định của Pháp luật về thuế. Cụ thể, căn cứ theo Khoản 1, Điều 25, Thông tư 80/2021/TT-BTC khoản thuế TNDN nộp thừa và tiền chậm nộp nộp thừa, tiền phạt nộp thừa (sau đây gọi là khoản nộp thừa) được xử lý bù trừ như sau:
Bù trừ khoản nộp thừa với số tiền thuế còn nợ, tiền chậm nộp còn nợ, tiền phạt còn nợ (sau đây gọi là khoản nợ) hoặc trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phát sinh phải nộp của lần tiếp theo (sau đây gọi là khoản thu phát sinh) trong các trường hợp:

• Bù trừ với khoản nợ của người nộp thuế có cùng nội dung kinh tế (tiểu mục) và cùng địa bàn thu ngân sách với khoản nộp thừa (*).
• Bù trừ với khoản thu phát sinh của người nộp thuế có cùng nội dung kinh tế (tiểu mục) và cùng địa bàn thu ngân sách với khoản nộp thừa (**).
• Bù trừ với khoản nợ hoặc khoản thu phát sinh có cùng nội dung kinh tế (tiểu mục) và cùng địa bàn thu ngân sách của người nộp thuế khác khi người nộp thuế không còn khoản nợ (***).
• Trường hợp người nộp thuế có số tiền thuế TNDN nộp thừa bằng ngoại tệ khi thực hiện bù trừ phải quy đổi sang đồng Việt Nam theo tỷ giá bán ra đầu ngày của Ngân hàng thương mại cổ phần Ngoại thương Việt Nam tại thời điểm xác định số thuế nộp thừa để bù trừ(****)

Tiền thuế TNDN nộp thừa được bù trừ vào số tiền thuế phát sinh phải nộp của lần tiếp theo.

3. Thủ tục bù trừ thuế TNDN nộp thừa

Thủ tục bù trừ số tiền thuế TNDN nộp thừa, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa  được thực hiện theo quy định tại Khoản 2, Điều 25, Thông tư 80/2021/TT-BTC.
>> Tham khảo: Hồ sơ quyết toán thuế TNDN bao gồm những gì?

3.1. Trình tự, thủ tục bù trừ thuế TNDN nộp thừa

Trình tự và thủ tục bù trừ thuế TNDN nộp thừa như sau:

Bước 1: Xét trường hợp bù trừ

Người nộp thuế có khoản thuế TNDN nộp thừa bù trừ với khoản nợ, khoản thu phát sinh theo quy định tại  (*) và (**) thì không phải gửi hồ sơ đề nghị bù trừ khoản nộp thừa đến cơ quan thuế. Khi này cơ quan thuế thực hiện tự động bù trừ trên hệ thống quản lý thuế theo quy định về kế toán nghiệp vụ thuế và cung cấp thông tin cho người nộp thuế.

Bước 2: Làm thủ tục bù trừ

Người nộp thuế có khoản nộp thuế TNDN thừa bù trừ với khoản nợ, khoản thu phát sinh theo quy định tại (***) thì gửi hồ sơ đề nghị bù trừ khoản nộp thừa, gồm:

• Văn bản đề nghị xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu số 01/DNXLNT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC.
• Các tài liệu liên quan (nếu có) đến cơ quan thuế có thẩm quyền xử lý khoản nộp thừa quy định tại khoản 3 Điều này.

Bước 3: Cơ quan thuế thực hiện giải quyết hồ sơ

Cơ quan thuế thực hiện tiếp nhận, giải quyết hồ sơ đề nghị bù trừ khoản nộp thừa của người nộp thuế.
Thời gian xử lý: trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ đề nghị bù trừ khoản nộp thừa của người nộp thuế, cơ quan thuế đối chiếu khoản nộp thừa, khoản nợ, khoản thu phát sinh tại văn bản đề nghị của người nộp thuế với dữ liệu trên hệ thống quản lý thuế.
- TH1: Nếu khoản nộp thừa thuế TNDN phát sinh tại văn bản đề nghị của người nộp thuế khớp đúng với dữ liệu trên hệ thống quản lý thuế:
Cơ quan thuế thực hiện bù trừ khoản nộp thừa với khoản nợ, khoản thu phát sinh theo đề nghị của người nộp thuế và thông báo cho người nộp thuế.
- TH2: Nếu khoản nộp thừa thuế TNDN tại văn bản đề nghị của người nộp thuế không không khớp.
Cơ quan thuế ban hành Thông báo theo mẫu số 01/TB-XLBT ban hành kèm Thông tư 80/2021/TT-BTC nêu rõ lý do không thực hiện bù trừ khoản nộp thừa gửi cho người nộp thuế.

Bước 4: Giải quyết khi đề nghị bù trừ không khớp đúng với dữ liệu trên hệ thống quản lý thuế

Trường hợp đề nghị của người nộp thuế không khớp đúng với dữ liệu trên hệ thống quản lý thuế. Người nộp thuế thực hiện:

• Giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo mẫu số 01/TB-BSTT-NNT ban hành kèm theo Nghị định số 126/2020/NĐ-CP rồi nộp lại cho cơ quan thuế.
• Thời gian giải trình, bổ sung thông tin của người nộp thuế không tính vào thời gian giải quyết hồ sơ đề nghị bù trừ khoản nộp thừa của cơ quan thuế.

Sau khi thực hiện giải trình và kê khai bổ sung thông tin tài liệu khớp và đúng theo dữ liệu quản lý thuế. Cơ quan thuế thực hiện bù trừ khoản nộp thừa theo đề nghị của người nộp thuế.

3.2. Hoàn trả, hoàn trả kiêm bù trừ thu ngân sách đối với khoản thuế TNDN nộp thừa

Căn cứ theo quy định tại Tiết b Khoản 1 Điều 25 Thông tư 80/2021/TT-BTC thì người nộp thuế TNDN được gửi hồ sơ đề nghị hoàn trả hoặc hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước khi:

• Người nộp thuế TNDN có khoản nộp thừa sau khi thực hiện bù trừ theo quy định mà vẫn còn khoản nộp thừa hoặc
• Người nộp thuế TNDN không có khoản nợ.

Hồ sơ đề nghị hoàn trả tiền nộp thừa theo quy định tại Điều 42 Thông tư 80/2021/TT-BTC gồm có:

• Văn bản đề nghị xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa (mẫu số 01/DNXLNT);
• Văn bản ủy quyền nếu người nộp thuế không trực tiếp thực hiện thủ tục hoàn thuế, trừ trường hợp đại lý thuế nộp hồ sơ hoàn thuế theo hợp đồng đã ký giữa đại lý thuế và người nộp thuế;
• Các tài liệu kèm theo (nếu có).

Lưu ý: Cơ quan thuế căn cứ Kết luận hoặc Quyết định xử lý và các tài liệu kiểm tra khác để thực hiện thủ tục hoàn nộp thừa cho người nộp thuế theo quy định trong trường hợp: hoàn nộp thừa khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động thuộc diện cơ quan thuế phải thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế theo quy định của pháp luật về thuế.
>> Tham khảo: Lãi chậm nộp thuế TNDN tính như thế nào?

4. Thời điểm xác định thuế TNDN nộp thừa để xử lý bù trừ hoặc hoàn nộp thừa

Thời điểm xác định thuế TNDN nộp thừa để xử lý bù trừ hoặc hoàn nộp thừa được quy định tại Tiết c Khoản 1 Điều 25 Thông tư 80/2021/TT-BTC.

Thời điểm xác định thuế TNDN nộp thừa để xử lý bù trừ.

Cụ thể thời điểm xác định thuế TNDN nộp thừa để xử lý bù trừ hoặc hoàn nộp thừa được quy định như sau: