Thông tư 99/2025/TT-BTC sẽ chính thức áp dụng từ ngày 01/01/2026, kéo theo nhiều thay đổi trong chế độ kế toán, báo cáo và quản lý chứng từ. Để tránh lúng túng khi chuyển giai đoạn, bộ phận kế toán cần rà soát quy trình, cập nhật biểu mẫu và chuẩn hóa số liệu ngay từ bây giờ. Dưới đây là 10 nhiệm vụ trọng tâm doanh nghiệp không nên bỏ qua trong giai đoạn chuẩn bị.

Mục Lục 1. 10 việc doanh nghiệp cần làm ngay trước thời điểm TT 99/2025/TT-BTC có hiệu lực 2. Doanh nghiệp nào không bắt buộc thực hiện chế độ kế toán theo Thông tư 99/2025/TT-BTC? 3. Những điểm cần nắm về Thông tư 99/2025/TT-BTC

1. 10 việc doanh nghiệp cần làm ngay trước thời điểm TT 99/2025/TT-BTC có hiệu lực

Để bảo đảm doanh nghiệp vận hành trơn tru khi Thông tư 99/2025/TT-BTC bắt đầu áp dụng từ 01/01/2026, bộ phận kế toán cần chủ động rà soát, chuẩn bị và hoàn thiện các đầu việc sau trước thời điểm chuyển đổi.

1.1. Rà soát hệ thống tài khoản và sổ sách kế toán hiện hành

Doanh nghiệp cần xem lại toàn bộ danh mục tài khoản đang sử dụng và đối chiếu với hệ thống tài khoản mới trong Thông tư 99/2025/TT-BTC. Việc nhận diện tài khoản nào được đổi tên, điều chỉnh nội dung, gộp hay tách sẽ giúp doanh nghiệp chủ động chỉnh sửa phần mềm, quy trình hạch toán và sổ sách. Đây là bước nền để đảm bảo dữ liệu nhất quán, tránh sai lệch khi bước sang kỳ kế toán đầu tiên theo thông tư mới.

Ví dụ: Doanh nghiệp kiểm tra xem các tài khoản doanh thu mới hoặc được hợp nhất theo Thông tư có ảnh hưởng đến phần mềm hiện tại hay không.

1.2. Cập nhật lại chính sách kế toán nội bộ

Mỗi doanh nghiệp có đặc thù riêng, nên chính sách kế toán nội bộ cũng phải được rà soát và điều chỉnh cho phù hợp. Điều này bao gồm nguyên tắc ghi nhận doanh thu, chi phí, định loại tài sản – công cụ dụng cụ, thời gian khấu hao và cách lập dự phòng. Việc chuẩn hóa sớm sẽ giúp doanh nghiệp vận hành đồng bộ với quy định mới.

Ví dụ: Kiểm tra Bảng CĐKT và Báo cáo KQKD xem có chỉ tiêu mới hoặc bỏ bớt chỉ tiêu nào.

1.3. Kiểm tra khả năng đáp ứng của phần mềm kế toán

Thông tư 99/2025/TT-BTC có sự điều chỉnh về cấu trúc tài khoản và biểu mẫu báo cáo tài chính. Doanh nghiệp cần làm việc với đơn vị cung cấp phần mềm để cập nhật phiên bản phù hợp, đảm bảo hạch toán – kết chuyển – lập báo cáo không bị sai số hoặc lệch mẫu biểu. Đây là điểm dễ phát sinh rủi ro nếu doanh nghiệp chủ quan.

Ví dụ: Thay mẫu phiếu thu/phiếu chi nếu TT 99/2025/TT-BTC quy định chuẩn mới hoặc hướng dẫn lại cách trình bày.

1.4. Làm quen với hệ thống báo cáo tài chính và thuyết minh mới

Một số chỉ tiêu trong báo cáo tài chính sẽ thay đổi tên gọi, vị trí hoặc yêu cầu thuyết minh chi tiết hơn. Kế toán nên nghiên cứu biểu mẫu mới, xác định chỉ tiêu nào ảnh hưởng trực tiếp đến doanh nghiệp để có phương án chuẩn bị dữ liệu ngay từ trước kỳ báo cáo.

Ví dụ: DN xuất khẩu chủ yếu thu – chi bằng USD đánh giá lại điều kiện để xin dùng USD làm đơn vị tiền tệ kế toán.

1.5. Tập huấn nội bộ cho đội ngũ kế toán

Không chỉ kế toán trưởng, mà tất cả nhân sự trong bộ phận kế toán đều cần nắm được thay đổi của Thông tư 99/2025/TT-BTC. Doanh nghiệp có thể tổ chức buổi đào tạo, hoặc ban hành tài liệu hướng dẫn tóm lược giúp cả phòng nắm chung một cách hiểu và thống nhất quy trình thực hiện.

Ví dụ: DN sửa Quy chế tài chính nêu rõ phương pháp ghi nhận doanh thu theo chuẩn mới.

1.6. Trao đổi sớm với kiểm toán và cơ quan thuế

Việc làm việc trước với đơn vị kiểm toán và cán bộ thuế quản lý giúp doanh nghiệp nắm rõ cách vận dụng, nhất là với các khoản mục phức tạp như doanh thu theo hợp đồng dài hạn, phân bổ chi phí, giá vốn hay giao dịch liên kết. Cách hiểu đúng ngay từ đầu sẽ hạn chế việc điều chỉnh sau này.

Ví dụ: Yêu cầu nhà cung cấp cập nhật các tài khoản mới và mẫu báo cáo tài chính mới để xuất báo cáo đúng theo TT 99/2025/TT-BTC.

1.7. Cập nhật quy trình kiểm soát nội bộ liên quan đến kế toán

Khi hệ thống tài khoản và báo cáo thay đổi, các quy trình phê duyệt chứng từ, đối chiếu, kiểm tra và lập báo cáo cũng cần được cập nhật. Một quy trình kiểm soát nội bộ rõ ràng sẽ giúp doanh nghiệp giảm rủi ro sai sót, đặc biệt trong giai đoạn chuyển đổi.

Ví dụ: Tổ chức buổi training 60–90 phút hướng dẫn kế toán viên những thay đổi tác động trực tiếp đến công việc hằng ngày.

1.8. Rà soát hợp đồng, chứng từ và hóa đơn

Cách ghi nhận doanh thu, chi phí, tỷ giá, công nợ… theo Thông tư 99 có thể khác với cách doanh nghiệp đang áp dụng. Kế toán cần rà soát văn bản, hợp đồng và các chứng từ liên quan để đảm bảo nội dung phù hợp với quy định mới, tránh phát sinh tranh chấp hoặc vướng mắc pháp lý.

Ví dụ: DN có chi nhánh phải rà lại quy định mới về quyền – trách nhiệm, cách lập báo cáo gửi về công ty mẹ.

1.9. Chuẩn bị phương án chuyển đổi số dư đầu kỳ

Trước khi thông tư có hiệu lực, doanh nghiệp phải chốt sổ, đối chiếu số dư và lập bảng chuyển đổi giữa hệ thống tài khoản cũ – mới. Đây là bước quan trọng giúp số liệu chuyển sang năm tài chính 2026 được liền mạch và chính xác.

Ví dụ: Đối chiếu công nợ, hàng tồn và số dư tài khoản để tránh lệch khi áp dụng hệ thống chỉ tiêu mới.

Bài viết tham khảo: Báo cáo lưu chuyển tiền tệ: Khái niệm, nội dung và vai trò trong doanh nghiệp.

1.10. Xây dựng kế hoạch chuyển đổi tổng thể và phân công rõ trách nhiệm

Doanh nghiệp cần lập lộ trình cụ thể cho từng hạng mục: nâng cấp phần mềm, chuyển đổi tài khoản, chuẩn hóa chứng từ, đào tạo nội bộ… Kế toán trưởng nên đóng vai trò điều phối trung tâm, phối hợp với IT, kiểm toán nội bộ và lãnh đạo doanh nghiệp để bảo đảm tiến độ.

Ví dụ: DN chuyển sang lưu trữ điện tử nhiều hơn, phân quyền truy cập theo chuẩn mới của TT 99/2025/TT-BTC.

Tóm lại:

Thông tư 99/2025/TT-BTC không chỉ là thay đổi kỹ thuật hạch toán mà là cơ hội giúp doanh nghiệp tái cấu trúc hệ thống tài chính – kế toán. Khi chuẩn bị đầy đủ, doanh nghiệp không chỉ đáp ứng quy định mà còn nâng cao năng lực quản trị, chuẩn hóa dữ liệu và tăng tính minh bạch trong hoạt động.

2. Doanh nghiệp nào không bắt buộc thực hiện chế độ kế toán theo Thông tư 99/2025/TT-BTC?

Ngày 27/10/2025, Bộ Tài chính ban hành Thông tư 99/2025/TT-BTC văn bản thay thế hệ thống chế độ kế toán doanh nghiệp hiện hành kể từ ngày 01/01/2026.

Tuy nhiên, không phải toàn bộ doanh nghiệp đều bắt buộc phải chuyển sang chế độ kế toán mới.

Căn cứ Điều 31, Thông tư 99/2025/TT-BTC, có thể tóm lược và phân tích như sau:

2.1. Đối tượng áp dụng bắt buộc

Thông tư 99/2025/TT-BTC chính thức có hiệu lực từ kỳ tài chính bắt đầu từ ngày 01/01/2026 trở đi, thay thế các Thông tư 200/2014/TT-BTC, Thông tư 75/2015/TT-BTC, Thông tư 53/2016/TT-BTC và Thông tư 195/2012/TT-BTC.

Theo đó, doanh nghiệp thuộc phạm vi điều chỉnh của Thông tư 200 trước đây sẽ chuyển sang tuân thủ Thông tư 99/2025/TT-BTC, trừ các trường hợp được duy trì quy định cũ theo Khoản 2, Điều 31 (liên quan đến kế toán cổ phần hóa DNNN).

Nói cách khác: phần lớn doanh nghiệp quy mô lớn và doanh nghiệp thông thường sẽ phải thực hiện theo Thông tư 99/2025/TT-BTC.

Bài viết tham khảo: Công ty mẹ được miễn không nộp báo cáo tài chính hợp nhất khi nào?

2.2. Trường hợp không bắt buộc áp dụng TT 99/2025/TT-BTC

Theo Khoản 3, Điều 31, nhóm doanh nghiệp dưới đây được quyền lựa chọn, không bị buộc phải tuân thủ Thông tư 99/2025/TT-BTC:

- Doanh nghiệp nhỏ và vừa (SMEs).

- Cơ sở ngoài công lập (trường học tư thục, bệnh viện tư nhân…).

- Các đơn vị kế toán khác ngoài phạm vi doanh nghiệp

Những đơn vị này có thể áp dụng Thông tư 99/2025/TT-BTC nếu thấy phù hợp, nhưng hoàn toàn không bị bắt buộc.

Phân tích lý do nhóm này được quyền lựa chọn:

- SMEs thường có quy mô kế toán nhỏ, hạ tầng chưa đủ mạnh để chuyển đổi ngay sang chế độ mới.

- Các cơ sở ngoài công lập có mô hình hoạt động đặc thù, phương thức thu – chi mang tính đặc biệt, không dễ áp dụng toàn bộ hệ thống theo Thông tư 99/2025/TT-BTC.

- Một số đơn vị kế toán độc lập (tổ chức xã hội nghề nghiệp, hội quỹ…) có mục tiêu hoạt động không thuần túy kinh doanh, nên không cần áp dụng đầy đủ chế độ kế toán doanh nghiệp.

2.3. Điều kiện khi lựa chọn áp dụng Thông tư 99/2025/TT-BTC

Nếu tự nguyện áp dụng Thông tư 99/2025/TT-BTC, đơn vị phải tuân thủ một số yêu cầu quan trọng:

- Duy trì nhất quán trong ít nhất một kỳ kế toán năm

→ Không được áp dụng nửa chừng hoặc thay đổi theo tháng/quý.

- Phải lập lại số liệu so sánh khi thay đổi chế độ kế toán

→ Ví dụ: nếu chuyển từ chế độ kế toán SMEs sang Thông tư 99/2025/TT-BTC, doanh nghiệp phải điều chỉnh lại báo cáo năm trước để đảm bảo so sánh được với năm áp dụng mới.

- Giải trình rõ lý do và tác động của việc thay đổi trong thuyết minh báo cáo tài chính

→ Đây là yêu cầu thể hiện tính minh bạch, tương tự việc thay đổi chính sách kế toán.

Như vậy, nhóm doanh nghiệp không bắt buộc áp dụng Thông tư 99/2025/TT-BTC bao gồm: doanh nghiệp vừa và nhỏ, cơ sở ngoài công lập và các đơn vị kế toán khác.

Những đơn vị này có quyền lựa chọn chế độ kế toán phù hợp nhất với quy mô và đặc thù hoạt động, nhưng nếu chọn Thông tư 99/2025/TT-BTC thì phải thực hiện nhất quán và đầy đủ theo yêu cầu về trình bày báo cáo tài chính.

Có thể bạn quan tâm: Tổng hợp các công thức kế toán quản trị thường gặp.

3. Những điểm cần nắm về Thông tư 99/2025/TT-BTC

Thời điểm áp dụng: Thông tư 99/2025/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 01/01/2026, áp dụng cho các năm tài chính bắt đầu từ hoặc sau ngày này. Doanh nghiệp có thể lựa chọn áp dụng sớm hơn nếu đã chuẩn bị đầy đủ về hệ thống kế toán, nhân sự và quy trình nội bộ.

3.1. Phạm vi điều chỉnh và đối tượng áp dụng

Phạm vi điều chỉnh: Thông tư 99/2025/TT-BTC hướng dẫn chi tiết về chứng từ kế toán, tài khoản kế toán, ghi sổ, lập và trình bày Báo cáo tài chính. Việc xác định nghĩa vụ thuế vẫn được thực hiện theo pháp luật thuế hiện hành.

Đối tượng áp dụng: Hầu hết doanh nghiệp thuộc mọi lĩnh vực, thành phần kinh tế, bao gồm cả các tổ chức tín dụng, chi nhánh ngân hàng nước ngoài đối với nghiệp vụ không đặc thù.

3.2. Các văn bản bị thay thế

Thông tư 99/2025/TT-BTC thay thế hoàn toàn hoặc một phần các Thông tư trước đây:

- Thông tư 200/2014/TT-BTC ngày 22/12/2014 (trừ nội dung liên quan kế toán cổ phần hóa DNNN).

- Thông tư 75/2015/TT-BTC ngày 18/5/2015.

- Thông tư 53/2016/TT-BTC ngày 21/3/2016.

- Thông tư 195/2012/TT-BTC ngày 15/11/2012.

Điểm nhấn mới của Thông tư 99/2025/TT-BTC: 

- Cấu trúc tài khoản gọn hơn, dễ quản lý: giảm trùng lặp, tách nhóm tài khoản theo bản chất giao dịch.

- Yêu cầu thuyết minh chi tiết hơn: giúp minh bạch các khoản mục phức tạp như chi phí trả trước, dự phòng, công nợ.

- Chuẩn hóa kết chuyển số dư và báo cáo tài chính: đảm bảo số liệu giữa các kỳ kế toán thống nhất, thuận tiện cho việc so sánh.

- Hướng tới áp dụng IFRS: các nguyên tắc ghi nhận, phân loại và trình bày báo cáo tài chính gần hơn với chuẩn quốc tế, giúp doanh nghiệp Việt Nam hội nhập tài chính toàn cầu.

Chuẩn bị trước khi Thông tư 99/2025/TT-BTC có hiệu lực giúp doanh nghiệp đảm bảo tuân thủ đúng quy định, giảm thiểu sai sót trong kế toán và báo cáo tài chính.

Thực hiện đầy đủ các bước từ rà soát tài khoản, cập nhật chính sách nội bộ, kiểm tra phần mềm đến lập kế hoạch chuyển đổi số dư đầu kỳ sẽ giúp quá trình áp dụng thông tư diễn ra suôn sẻ, đồng thời tạo nền tảng quản lý tài chính minh bạch và hiệu quả hơn.

Dương Thúy.

Trong thời đại chuyển đổi số mạnh mẽ cùng với yêu cầu siết chặt quản lý thuế, Phần mềm hóa đơn điện tử E-invoice của Công ty Phát triển Công nghệ Thái Sơn là công cụ đắc lực giúp doanh nghiệp quản lý hóa đơn điện tử hiệu quả và đúng quy định. Theo đó, giúp doanh nghiệp tối ưu quy trình kế toán, giảm thiểu sai sót và nâng cao hiệu quả hoạt động. Liên hệ ngay theo đường dây nóng 24/7 để được tư vấn và dùng thử hoàn toàn MIỄN PHÍ: - Miền Bắc: 1900 4767. - Miền Nam/Trung: 1900 4768.