Từ ngày 01/7/2026, thủ tục phát hành hóa đơn điện tử được thực hiện theo quy định tại Thông tư 91/2026/TT-BTC với nhiều điểm thay đổi về đăng ký sử dụng, thông báo phát hành, cấp mã và quản lý hóa đơn điện tử. Bài viết dưới đây sẽ hướng dẫn chi tiết thủ tục phát hành hóa đơn điện tử theo quy định mới, giúp doanh nghiệp, tổ chức và hộ kinh doanh thực hiện đúng quy trình, tránh sai sót trong quá trình đưa hóa đơn điện tử vào sử dụng.

Mục Lục 1. Thủ tục đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 91/2026/TT-BTC 2. Thủ tục thay đổi thông tin đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử 3. Các trường hợp ngừng, tạm ngừng sử dụng hóa đơn điện tử

1. Thủ tục đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 91/2026/TT-BTC

Theo Điều 6, Thông tư 91/2026/TT-BTC, từ ngày 01/7/2026, doanh nghiệp, tổ chức, hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh phải thực hiện đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử trước khi phát hành hóa đơn.

Việc đăng ký được thực hiện chủ yếu bằng phương thức điện tử thông qua hệ thống của cơ quan thuế hoặc tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử.

1.1. Đối tượng phải đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử

Các đối tượng sau phải thực hiện đăng ký hoặc thay đổi thông tin đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử:

- Doanh nghiệp, tổ chức kinh tế.

- Tổ chức khác có phát sinh hoạt động bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ.

- Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh.

- Tổ chức nước ngoài đăng ký tự nguyện sử dụng hóa đơn điện tử theo quy định.

- Các đơn vị đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử bán tài sản công hoặc hóa đơn bán hàng dự trữ quốc gia.

Việc đăng ký chỉ áp dụng khi người nộp thuế không thuộc trường hợp bị ngừng hoặc tạm ngừng sử dụng hóa đơn điện tử theo Điều 8 Thông tư 91/2026/TT-BTC.

1.2. Hồ sơ đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử

Người nộp thuế thực hiện đăng ký theo Mẫu số 01/ĐKTĐ-HĐĐT ban hành kèm theo Phụ lục III, Thông tư 91/2026/TT-BTC.

Sau khi tiếp nhận hồ sơ, Hệ thống thông tin quản lý thuế sẽ gửi thông báo điện tử xác nhận đã tiếp nhận hoặc chưa tiếp nhận hồ sơ đăng ký qua email hoặc thông qua tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử.

1.3. Đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử thực hiện ở đâu?

Tùy từng đối tượng, việc đăng ký được thực hiện qua một trong các kênh sau:

- Thông qua tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử (đây là hình thức phổ biến nhất).

- Trực tiếp trên Hệ thống thông tin quản lý thuế đối với một số trường hợp theo quy định.

- Qua Cổng Dịch vụ công Quốc gia đối với doanh nghiệp gửi dữ liệu hóa đơn trực tiếp đến cơ quan thuế.

- Tổ chức nước ngoài cung cấp dịch vụ trên nền tảng số thực hiện đăng ký qua Hệ thống thông tin quản lý thuế.

1.4. Quy trình đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử từ 01/7/2026

Theo Điều 6, Thông tư 91/2026/TT-BTC, thủ tục đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử được thực hiện theo các bước sau:

Bước 1: Nộp hồ sơ đăng ký

Người nộp thuế lập Mẫu số 01/ĐKTĐ-HĐĐT và gửi hồ sơ đăng ký thông qua một trong các hình thức sau:

- Tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử.

- Hệ thống thông tin quản lý thuế (đối với các trường hợp được quy định).

- Cổng Dịch vụ công Quốc gia (đối với doanh nghiệp gửi dữ liệu hóa đơn trực tiếp đến cơ quan thuế theo quy định).

Bước 2: Cơ quan thuế tiếp nhận và đối chiếu thông tin

Trong thời hạn 01 ngày làm việc kể từ khi tiếp nhận hồ sơ, Hệ thống thông tin quản lý thuế tự động:

- Đối chiếu thông tin đăng ký doanh nghiệp và đăng ký thuế.

- Đối chiếu dữ liệu với Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư hoặc Hệ thống định danh và xác thực điện tử.

- Kiểm tra thông tin sinh trắc học của người đại diện theo pháp luật, chủ hộ kinh doanh hoặc chủ doanh nghiệp tư nhân theo quy định.

Nếu thông tin không khớp, hệ thống sẽ gửi Thông báo không chấp nhận đăng ký, đồng thời chỉ rõ các nội dung cần điều chỉnh.

Nếu thông tin khớp đúng, hệ thống sẽ gửi yêu cầu xác nhận qua email hoặc số điện thoại đã đăng ký.

Bước 3: Người nộp thuế xác nhận và giải trình (nếu có)

Sau khi nhận được yêu cầu, người nộp thuế phải thực hiện xác nhận trong thời hạn theo quy định.

Đối với trường hợp người nộp thuế thuộc diện có dấu hiệu rủi ro về thuế, hóa đơn hoặc thuộc các trường hợp cần kiểm tra theo Điều 6 và Điều 7, Thông tư 91/2026/TT-BTC, cơ quan thuế sẽ gửi Thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu (Mẫu số 01/TB-BSTT-NNT).

Người nộp thuế có trách nhiệm giải trình, bổ sung hồ sơ trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được thông báo.

Bước 4: Ban hành kết quả đăng ký

Sau khi hoàn thành việc đối chiếu, xác nhận và xem xét hồ sơ, cơ quan thuế sẽ ban hành:

- Thông báo chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử (Mẫu số 01/TB-ĐKĐT) nếu người nộp thuế đáp ứng đầy đủ điều kiện; hoặc.

- Thông báo không chấp nhận đăng ký, trong đó nêu rõ lý do để người nộp thuế thực hiện điều chỉnh hoặc bổ sung theo quy định.

Lưu ý: Đối với doanh nghiệp đăng ký hình thức chuyển dữ liệu hóa đơn điện tử trực tiếp đến cơ quan thuế, sau khi được chấp nhận đăng ký còn phải thực hiện kết nối, kiểm thử hạ tầng kỹ thuật với Cục Thuế trước khi chính thức truyền dữ liệu hóa đơn điện tử theo hình thức gửi trực tiếp. Điều này được quy định tại khoản 3 Điều 6 Thông tư 91/2026/TT-BTC.

1.5. Trường hợp phải giải trình trước khi được chấp nhận đăng ký

Theo Thông tư 91/2026/TT-BTC, cơ quan thuế có quyền yêu cầu người nộp thuế giải trình khi thuộc một trong các trường hợp như:

- Có dấu hiệu rủi ro cao trong đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử.

- Người đại diện pháp luật hoặc chủ hộ kinh doanh đang quản lý doanh nghiệp có tình trạng mã số thuế bất thường.

- Người nộp thuế đang tạm ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành nghĩa vụ thuế.

- Có vi phạm về thuế, hóa đơn hoặc chứng từ theo quy định.

Người nộp thuế phải thực hiện giải trình và bổ sung hồ sơ trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được thông báo của cơ quan thuế.

Sau khi xem xét kết quả giải trình hoặc xác minh thực tế, cơ quan thuế sẽ ban hành thông báo chấp nhận hoặc không chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử và nêu rõ lý do nếu bị từ chối.

1.6. Cơ quan thuế định kỳ rà soát và yêu cầu chuyển đổi loại hóa đơn điện tử

Theo Khoản 6, Điều 6, Thông tư 91/2026/TT-BTC, cơ quan thuế sẽ định kỳ rà soát các tổ chức, doanh nghiệp, hộ kinh doanh đang sử dụng hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế.

Trường hợp người nộp thuế thuộc diện phải chuyển sang sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế, cơ quan thuế sẽ gửi Thông báo theo Mẫu số 01/TB-KTT (Phụ lục IV) để yêu cầu thực hiện đăng ký chuyển đổi.

Sau khi nhận được thông báo, người nộp thuế phải thực hiện đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế theo đúng trình tự quy định tại Điều 6, Thông tư 91/2026/TT-BTC.

Lưu ý: Việc chuyển đổi này được thực hiện theo yêu cầu của cơ quan thuế sau khi rà soát, không phải do người nộp thuế tự quyết định khi vẫn đáp ứng điều kiện sử dụng hóa đơn điện tử không có mã.

2. Thủ tục thay đổi thông tin đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử

Không chỉ khi đăng ký lần đầu, trong quá trình hoạt động, nếu có thay đổi các thông tin đã đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử, doanh nghiệp, tổ chức, hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh cũng phải thực hiện thủ tục cập nhật với cơ quan thuế theo quy định tại Khoản 4, Điều 6, Thông tư 91/2026/TT-BTC.

2.1. Khi nào phải thay đổi thông tin đăng ký?

Người nộp thuế phải thực hiện thủ tục thay đổi khi có thay đổi các thông tin đã đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử, trừ trường hợp ngừng hoặc tạm ngừng sử dụng hóa đơn điện tử theo quy định tại Điều 8, Thông tư 91/2026/TT-BTC.

Việc thay đổi được thực hiện bằng Mẫu số 01/ĐKTĐ-HĐĐT (Phụ lục III) và gửi thông qua: Hệ thống thông tin quản lý thuế hoặc tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử.

Trình tự tiếp nhận, xác thực và xử lý hồ sơ thay đổi được thực hiện tương tự như thủ tục đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử lần đầu.

2.2. Trường hợp công ty mẹ khai thác dữ liệu hóa đơn của đơn vị phụ thuộc

Theo Điểm b, Khoản 4, Điều 6 Thông tư 91/2026/TT-BTC, nếu công ty mẹ có nhu cầu khai thác dữ liệu hóa đơn điện tử của các chi nhánh hoặc đơn vị phụ thuộc thì phải thông báo với cơ quan thuế quản lý trực tiếp công ty mẹ theo Mẫu số 01/ĐKTĐ-HĐĐT.

Quy định này giúp cơ quan thuế quản lý thống nhất việc khai thác dữ liệu hóa đơn trong mô hình doanh nghiệp có nhiều đơn vị trực thuộc.

2.3. Cơ quan thuế có thể yêu cầu cập nhật thông tin sử dụng hóa đơn

Định kỳ hằng tháng, cơ quan thuế sẽ rà soát người nộp thuế đang sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế được miễn phí dịch vụ.

Nếu thuộc trường hợp phải chuyển sang sử dụng hóa đơn điện tử có mã thông qua tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử, cơ quan thuế sẽ gửi Thông báo theo Mẫu số 01/TB-KTT (Phụ lục IV) để người nộp thuế thực hiện thay đổi thông tin đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo quy định.

Lưu ý: Sau khi nhận được thông báo của cơ quan thuế, người nộp thuế cần thực hiện thủ tục thay đổi thông tin đăng ký đúng thời hạn để đảm bảo việc sử dụng hóa đơn điện tử không bị gián đoạn.

3. Các trường hợp ngừng, tạm ngừng sử dụng hóa đơn điện tử

Căn cứ: Điều 8, Thông tư 91/2026/TT-BTC.

3.1. Những trường hợp bị ngừng hoặc tạm ngừng sử dụng hóa đơn điện tử

Theo Điều 8, Thông tư 91/2026/TT-BTC, cơ quan thuế sẽ ngừng hoặc tạm ngừng sử dụng hóa đơn điện tử (bao gồm hóa đơn có mã, không có mã và hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền) trong một số trường hợp sau:

- Doanh nghiệp, tổ chức, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh chấm dứt hiệu lực mã số thuế.

- Không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký theo xác minh của cơ quan thuế.

- Tạm ngừng hoạt động kinh doanh theo quy định.

- Bị cưỡng chế nợ thuế bằng biện pháp ngừng sử dụng hóa đơn điện tử.

- Có hành vi sử dụng hóa đơn để bán hàng nhập lậu, hàng giả, hàng cấm hoặc hàng hóa xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ.

- Có hành vi mua bán, lập khống hóa đơn nhằm chiếm đoạt tiền hoặc trốn thuế theo kết luận của cơ quan có thẩm quyền.

- Vi phạm điều kiện kinh doanh hoặc vi phạm pháp luật về thuế và hóa đơn theo thông báo của cơ quan chức năng.

- Người nộp thuế thuộc diện rủi ro cao về thuế và hóa đơn theo quy định của Thông tư 94/2026/TT-BTC.

- Một số trường hợp đặc thù khác như:

+ Không còn đủ điều kiện sử dụng hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền.

+ Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh không bổ sung thông tin đăng ký thuế theo yêu cầu của cơ quan thuế đúng thời hạn.

Đây đều là các trường hợp cơ quan thuế có quyền tạm dừng hoặc ngừng tiếp nhận dữ liệu hóa đơn điện tử nhằm phòng ngừa rủi ro về quản lý thuế.

3.2. Cơ quan thuế xử lý việc ngừng sử dụng hóa đơn như thế nào?

Tùy từng trường hợp, cơ quan thuế sẽ áp dụng phương thức xử lý khác nhau:

- Tự động ngừng tiếp nhận hóa đơn điện tử đối với các trường hợp như chấm dứt mã số thuế, tạm ngừng kinh doanh, không hoạt động tại địa chỉ đăng ký hoặc bị cưỡng chế nợ thuế.

- Gửi Thông báo ngừng sử dụng hóa đơn điện tử đối với các trường hợp có dấu hiệu vi phạm hoặc thuộc diện rủi ro.

- Đối với một số trường hợp, người nộp thuế được yêu cầu giải trình, bổ sung hồ sơ trong thời hạn 03 ngày làm việc.

+ Nếu giải trình đầy đủ và chứng minh việc sử dụng hóa đơn đúng quy định thì được tiếp tục sử dụng hóa đơn điện tử.

+ Nếu không giải trình hoặc giải trình không đạt yêu cầu, cơ quan thuế sẽ ban hành thông báo ngừng sử dụng hóa đơn theo quy định.

3.3. Khi nào được sử dụng hóa đơn điện tử trở lại?

Người nộp thuế sẽ được tiếp tục sử dụng hóa đơn điện tử khi đáp ứng điều kiện theo Điều 8, Thông tư 91/2026/TT-BTC:

- Đã khôi phục hiệu lực mã số thuế hoặc hoạt động kinh doanh trở lại.

- Quyết định cưỡng chế ngừng sử dụng hóa đơn đã được chấm dứt.

- Không còn thuộc diện rủi ro cao về thuế và hóa đơn sau khi được cơ quan thuế kiểm tra, đánh giá.

- Hoặc có thông báo của cơ quan có thẩm quyền xác nhận đủ điều kiện tiếp tục sử dụng hóa đơn điện tử.

Sau khi đủ điều kiện, người nộp thuế có thể tiếp tục sử dụng hóa đơn điện tử theo quy định mà không phải thực hiện lại toàn bộ thủ tục đăng ký từ đầu, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác.

Từ ngày 01/7/2026, thủ tục phát hành (đăng ký sử dụng) hóa đơn điện tử được thực hiện theo Thông tư 91/2026/TT-BTC và Nghị định 254/2026/NĐ-CP với nhiều điểm mới về đăng ký, thay đổi thông tin, quản lý rủi ro và các trường hợp ngừng sử dụng hóa đơn điện tử.

Doanh nghiệp, hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh cần thực hiện đúng quy trình đăng ký, cập nhật kịp thời khi có thay đổi thông tin và tuân thủ các quy định về sử dụng hóa đơn điện tử để đảm bảo hoạt động xuất hóa đơn diễn ra liên tục, đúng quy định và hạn chế rủi ro pháp lý.

Dương Thúy.

Trong thời đại chuyển đổi số mạnh mẽ cùng với yêu cầu siết chặt quản lý thuế, Phần mềm hóa đơn điện tử E-invoice của Công ty Phát triển Công nghệ Thái Sơn là công cụ đắc lực giúp doanh nghiệp quản lý hóa đơn điện tử hiệu quả và đúng quy định. Theo đó, giúp doanh nghiệp tối ưu quy trình kế toán, giảm thiểu sai sót và nâng cao hiệu quả hoạt động. Liên hệ ngay theo đường dây nóng 24/7 để được tư vấn và dùng thử hoàn toàn MIỄN PHÍ: - Miền Bắc: 1900 4767. - Miền Nam/Trung: 1900 4768.