Ngày 30/6/2026, Bộ Tài chính ban hành Thông tư 91/2026/TT-BTC quy định chi tiết một số nội dung của Luật Quản lý thuế 2025 và Nghị định 254/2026/NĐ-CP về hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử. Thông tư hướng dẫn cụ thể nhiều nội dung liên quan đến đăng ký, sử dụng, xử lý hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử và cơ chế quản lý dữ liệu hóa đơn theo quy định mới. Bài viết dưới đây tổng hợp những nội dung đáng chú ý của Thông tư 91/2026/TT-BTC để người nộp thuế và doanh nghiệp thuận tiện theo dõi, áp dụng.

Mục Lục 1. Thông tư 91/2026/TT-BTC thay thế toàn bộ hướng dẫn cũ về hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử 2. 03 cách xử lý hóa đơn điện tử đã lập có sai sót theo quy định mới 3. Các trường hợp ngừng, tạm ngừng sử dụng HĐĐT theo Thông tư 91/2026/TT-BTC 4. Bổ sung quy trình đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử có xác thực sinh trắc học

1. Thông tư 91/2026/TT-BTC thay thế toàn bộ hướng dẫn cũ về hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử

Từ ngày 01/7/2026, Thông tư 91/2026/TT-BTC chính thức có hiệu lực, thay thế Thông tư 32/2025/TT-BTC, đồng thời trở thành văn bản hướng dẫn thực hiện Luật Quản lý thuế 2025 và Nghị định 254/2026/NĐ-CP về hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử.

Theo Điều 25, Thông tư 91/2026/TT-BTC, kể từ ngày Thông tư có hiệu lực, Thông tư 32/2025/TT-BTC hướng dẫn thực hiện Luật Quản lý thuế 2019, Nghị định 123/2020/NĐ-CP và Nghị định 70/2025/NĐ-CP hết hiệu lực thi hành.

So với Thông tư 32/2025/TT-BTC, Thông tư 91/2026/TT-BTC không chỉ thay thế về căn cứ pháp lý mà còn hướng dẫn đồng bộ nhiều quy định mới của Luật Quản lý thuế 2025 và Nghị định 254/2026/NĐ-CP, tập trung vào các nhóm nội dung sau:

1.1. Hướng dẫn đăng ký, sử dụng và quản lý hóa đơn điện tử

Thông tư quy định chi tiết các nội dung liên quan đến việc:

- Đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử.

- Chuyển đổi áp dụng hóa đơn điện tử.

- Định dạng dữ liệu hóa đơn điện tử.

- Ủy nhiệm lập hóa đơn điện tử.

- Xử lý hóa đơn điện tử đã lập.

- Ký hiệu mẫu số, ký hiệu hóa đơn điện tử và mẫu hóa đơn điện tử tham khảo.

- Tiêu chí xác định người nộp thuế có rủi ro cao trong đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử.

- Các trường hợp ngừng, tạm ngừng sử dụng hóa đơn điện tử.

1.2. Hướng dẫn về chứng từ điện tử

Đối với chứng từ điện tử, Thông tư hướng dẫn cụ thể:

- Đăng ký sử dụng chứng từ điện tử.

- Định dạng chứng từ điện tử.

- Xử lý chứng từ điện tử đã lập.

- Ký hiệu mẫu, ký hiệu chứng từ điện tử.

- Mẫu chứng từ điện tử tham khảo.

1.3. Bổ sung hướng dẫn nhiều thủ tục mới về hóa đơn điện tử

Thông tư 91/2026/TT-BTC cũng hướng dẫn chi tiết nhiều nội dung mới được bổ sung tại Nghị định 254/2026/NĐ-CP, gồm:

- Trình tự, thủ tục cấp hóa đơn điện tử theo từng lần phát sinh.

- Nội dung hóa đơn giá trị gia tăng kiêm tờ khai hoàn thuế.

- Chuyển dữ liệu hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử và cơ sở dữ liệu thông tin chi tiết giao dịch phát sinh trong một số lĩnh vực đặc thù như casino, trò chơi điện tử có thưởng.

- Trình tự đăng ký mới, bổ sung, thu hồi tài khoản truy cập Hệ thống thông tin quản lý thuế và việc cung cấp, tra cứu thông tin hóa đơn điện tử.

1.4. Hướng dẫn cơ chế khen thưởng và tiêu hủy hóa đơn giấy

Một điểm đáng chú ý khác là Thông tư hướng dẫn:

- Mức thưởng, hình thức, trình tự và thủ tục khen thưởng người tiêu dùng tố giác hành vi không lập, không giao hóa đơn điện tử.

- Quản lý và sử dụng kinh phí khen thưởng.

- Trình tự, thủ tục tiêu hủy hóa đơn đặt in của cơ quan thuế, biên lai giấy và hóa đơn bán hàng dự trữ quốc gia bằng giấy.

1.5. Ban hành hệ thống phụ lục và biểu mẫu mới

Thông tư 91/2026/TT-BTC ban hành kèm 05 Phụ lục.

Trong đó:

- Phụ lục I đến Phụ lục IV là các biểu mẫu, hồ sơ và định dạng bắt buộc áp dụng theo quy định.

- Phụ lục V là các mẫu hóa đơn điện tử, biên lai điện tử mang tính chất tham khảo, người nộp thuế không bắt buộc sử dụng đúng theo mẫu này.

Lưu ý: Đối với hóa đơn đã lập theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP, Nghị định 70/2025/NĐ-CP và Thông tư 32/2025/TT-BTC, việc điều chỉnh hoặc thay thế hóa đơn tiếp tục thực hiện theo quy định của Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC.

2. 03 cách xử lý hóa đơn điện tử đã lập có sai sót theo quy định mới

Một trong những nội dung đáng chú ý tại Thông tư 91/2026/TT-BTC là hướng dẫn chi tiết việc xử lý hóa đơn điện tử đã lập có sai sót, áp dụng đối với hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế và hóa đơn điện tử không có mã đã gửi dữ liệu đến cơ quan thuế.

Theo Khoản 1, Điều 10, Thông tư 91/2026/TT-BTC, khi phát hiện hóa đơn điện tử đã lập có sai sót, người bán được xử lý theo 01 trong 03 phương thức, tùy thuộc vào nội dung sai trên hóa đơn.

2.1. Trường hợp 1: Chỉ thông báo hóa đơn lập sai

Người bán không phải lập hóa đơn mới nếu hóa đơn chỉ sai các thông tin như:

- Tên người mua.

- Địa chỉ người mua.

- Số tiền bằng chữ.

- Hoặc các nội dung khác không ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế.

Điều kiện là hóa đơn không sai các chỉ tiêu quan trọng như:

- Mã số thuế.

- Tên hàng hóa, dịch vụ.

- Số tiền.

- Thuế suất.

- Tiền thuế.

Khi đó, người bán chỉ cần:

- Thông báo cho người mua về sai sót.

- Gửi Thông báo hóa đơn điện tử đã lập sai (Mẫu số 04/SS-HĐĐT) đến Cơ quan thuế.

2.2. Trường hợp 2. Lập hóa đơn điện tử điều chỉnh

Nếu hóa đơn sai các nội dung ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế sau đây, người bán có thể lập hóa đơn điện tử điều chỉnh:

- Mã số thuế.

- Tên hàng hóa.

- Quy cách, chất lượng hàng hóa.

- Số lượng, đơn giá, thành tiền.

- Thuế suất.

- Tiền thuế.

- Hoặc các nội dung bắt buộc khác.

Hóa đơn điều chỉnh phải ghi rõ nội dung: "Điều chỉnh cho hóa đơn Mẫu số... ký hiệu... số... ngày... tháng... năm...".

2.3. Trường hợp 3. Lập hóa đơn điện tử thay thế

Ngoài phương án điều chỉnh, người bán cũng có thể lựa chọn lập hóa đơn điện tử thay thế cho hóa đơn đã lập sai.

Hóa đơn thay thế phải thể hiện dòng chữ: "Thay thế cho hóa đơn Mẫu số... ký hiệu... số... ngày... tháng... năm..."

Lưu ý: Sau khi đã lựa chọn xử lý bằng điều chỉnh hoặc thay thế, nếu tiếp tục phát hiện sai sót thì các lần xử lý tiếp theo phải thực hiện theo đúng phương thức đã lựa chọn từ lần đầu. Đối với hóa đơn điều chỉnh, phần giá trị điều chỉnh tăng ghi số dương, điều chỉnh giảm ghi số âm theo đúng thực tế.

3. Các trường hợp ngừng, tạm ngừng sử dụng HĐĐT theo Thông tư 91/2026/TT-BTC

Bên cạnh việc hướng dẫn xử lý hóa đơn sai sót, Thông tư 91/2026/TT-BTC cũng quy định cụ thể các trường hợp người nộp thuế bị ngừng hoặc tạm ngừng sử dụng hóa đơn điện tử, đồng thời hướng dẫn trình tự xử lý và điều kiện khôi phục quyền sử dụng hóa đơn.

Theo Khoản 1, Điều 8, Thông tư 91/2026/TT-BTC, có 11 trường hợp bị ngừng hoặc tạm ngừng sử dụng hóa đơn điện tử, tiêu biểu gồm:

(1) Chấm dứt hiệu lực mã số thuế.

(2) Không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký.

(3) Tạm ngừng kinh doanh.

(4) Bị cưỡng chế nợ thuế bằng biện pháp ngừng sử dụng hóa đơn điện tử.

(5) Sử dụng hóa đơn điện tử để bán hàng nhập lậu, hàng giả, hàng cấm hoặc hàng hóa xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ.

(6) Lập hóa đơn khống hoặc có yêu cầu ngừng sử dụng hóa đơn từ cơ quan điều tra, viện kiểm sát hoặc tòa án.

(7) Không còn đủ điều kiện kinh doanh đối với ngành nghề kinh doanh có điều kiện.

(8) Không còn đáp ứng điều kiện sử dụng hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền.

(9) Không cập nhật thông tin đăng ký thuế theo yêu cầu của cơ quan thuế.

(10) Có hành vi trốn thuế, mua bán hoặc sử dụng hóa đơn điện tử trái pháp luật.

(11) Thuộc diện rủi ro cao về thuế và hóa đơn theo quy định.

Thông tư cũng quy định rõ trình tự xử lý đối với từng trường hợp. Tùy tính chất vụ việc, hệ thống thông tin quản lý thuế có thể tự động ngừng tiếp nhận hóa đơn hoặc cơ quan thuế sẽ yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin trước khi quyết định ngừng sử dụng hóa đơn điện tử.

Đồng thời, người nộp thuế được khôi phục quyền sử dụng hóa đơn điện tử khi đáp ứng các điều kiện theo quy định, như khôi phục mã số thuế, hoạt động trở lại, hết hiệu lực quyết định cưỡng chế hoặc được cơ quan thuế xác định không còn thuộc diện rủi ro cao.

4. Bổ sung quy trình đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử có xác thực sinh trắc học

Theo Điểm a, Khoản 2, Điều 6, Thông tư 91/2026/TT-BTC, trong thời hạn 01 ngày làm việc kể từ khi tiếp nhận hồ sơ đăng ký, Hệ thống thông tin quản lý thuế sẽ tự động đối chiếu thông tin của người đại diện theo pháp luật, chủ hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh hoặc chủ doanh nghiệp tư nhân với dữ liệu đăng ký thuế, đăng ký doanh nghiệp, Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư hoặc Hệ thống định danh và xác thực điện tử, bao gồm thông tin sinh trắc học theo quy định.

Trường hợp thông tin không khớp, hệ thống sẽ tự động từ chối hồ sơ và thông báo các nội dung cần điều chỉnh. Nếu thông tin phù hợp, người nộp thuế phải xác nhận qua email hoặc số điện thoại đã đăng ký trong thời hạn quy định để hoàn tất thủ tục đăng ký.

Sau khi hoàn tất bước xác thực, cơ quan thuế sẽ xem xét chấp nhận đăng ký hoặc yêu cầu giải trình, xác minh đối với các trường hợp có dấu hiệu rủi ro cao về thuế, hóa đơn.

Đây là nội dung chưa được quy định tại Thông tư 32/2025/TT-BTC, góp phần tăng cường xác thực danh tính và hạn chế tình trạng đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử bằng thông tin không chính xác hoặc giả mạo.

Trên đây là những nội dung đáng chú ý của Thông tư 91/2026/TT-BTC hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế 2025 và Nghị định 254/2026/NĐ-CP về hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử. Thông tư có hiệu lực từ 01/7/2026, đồng thời thay thế Thông tư 32/2025/TT-BTC, bổ sung nhiều quy định mới về đăng ký, quản lý, sử dụng và xử lý hóa đơn điện tử. Doanh nghiệp, tổ chức, hộ và cá nhân kinh doanh cần chủ động cập nhật để thực hiện đúng quy định, hạn chế rủi ro trong quá trình kê khai và sử dụng hóa đơn điện tử.

Dương Thúy.

Trong thời đại chuyển đổi số mạnh mẽ cùng với yêu cầu siết chặt quản lý thuế, Phần mềm hóa đơn điện tử E-invoice của Công ty Phát triển Công nghệ Thái Sơn là công cụ đắc lực giúp doanh nghiệp quản lý hóa đơn điện tử hiệu quả và đúng quy định. Theo đó, giúp doanh nghiệp tối ưu quy trình kế toán, giảm thiểu sai sót và nâng cao hiệu quả hoạt động. Liên hệ ngay theo đường dây nóng 24/7 để được tư vấn và dùng thử hoàn toàn MIỄN PHÍ: - Miền Bắc: 1900 4767. - Miền Nam/Trung: 1900 4768.