Ngày 30/6/2026, Bộ Tài chính ban hành Thông tư 89/2026/TT-BTC hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế năm 2025 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP. Thông tư bổ sung nhiều quy định mới về hồ sơ khai thuế, đăng ký thuế, hoàn thuế, gia hạn nộp thuế và quản lý nghĩa vụ thuế. Dưới đây là tổng hợp những điểm mới nổi bật người nộp thuế và doanh nghiệp cần lưu ý khi áp dụng từ ngày 01/7/2026.

Mục Lục 1. Những điểm mới nổi bật của Thông tư 89/2026/TT-BTC 2. Quy định về hồ sơ và giao dịch điện tử theo Thông tư 89/2026/TT-BTC 3. Quy định về gia hạn nộp hồ sơ khai thuế theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

1. Những điểm mới nổi bật của Thông tư 89/2026/TT-BTC

Thông tư 89/2026/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 01/7/2026, hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế 2025 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP, đồng thời thay thế nhiều quy định trước đây về quản lý thuế.

Đáng chú ý, Thông tư đã bổ sung nhiều quy định mới về giao dịch điện tử, khai thuế, quản lý rủi ro, hồ sơ miễn giảm thuế và hệ thống biểu mẫu. Dưới đây là những điểm mới nổi bật người nộp thuế cần lưu ý.

1.1. Bãi bỏ hàng loạt thông tư về quản lý thuế từ ngày 01/7/2026

Căn cứ Điều 99, Thông tư 89/2026/TT-BTC, Bộ Tài chính chính thức bãi bỏ nhiều thông tư về quản lý thuế kể từ ngày 01/7/2026 nhằm đồng bộ với Luật Quản lý thuế năm 2025 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP.

Các văn bản hết hiệu lực gồm:

- Thông tư 80/2021/TT-BTC hướng dẫn Luật Quản lý thuế và các văn bản sửa đổi, bổ sung gồm:

+ Thông tư 94/2025/TT-BTC.

+ Thông tư 21/2026/TT-BTC.

- Thông tư 19/2021/TT-BTC về giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế và Thông tư 46/2024/TT-BTC sửa đổi, bổ sung.

- Thông tư 103/2014/TT-BTC về thuế nhà thầu nước ngoài.

- Thông tư 92/2015/TT-BTC hướng dẫn thuế GTGT và thuế TNCN đối với cá nhân kinh doanh.

- Thông tư 84/2016/TT-BTC về thủ tục thu, nộp ngân sách nhà nước.

- Thông tư 96/2016/TT-BTC và Thông tư 97/2016/TT-BTC hướng dẫn miễn thuế TNCN đối với một số đối tượng đặc thù.

- Thông tư 179/2013/TT-BTC hướng dẫn xóa nợ tiền thuế, tiền phạt không có khả năng thu hồi phát sinh trước ngày 01/7/2007.

Việc bãi bỏ các thông tư trên giúp thống nhất hệ thống pháp luật về quản lý thuế, đồng thời thay thế các quy định đã hết hiệu lực hoặc không còn phù hợp bằng Thông tư 89/2026/TT-BTC và các văn bản hướng dẫn mới.

1.2. Cập nhật quy định về giao dịch điện tử trong quản lý thuế

Căn cứ Chương II và Điều 7, Thông tư 89/2026/TT-BTC, Bộ Tài chính đã cập nhật toàn diện quy định về giao dịch điện tử trong quản lý thuế, thay thế các hướng dẫn trước đây để phù hợp với Luật Quản lý thuế 2025.

Theo đó, giao dịch thuế điện tử được thực hiện giữa cơ quan thuế, người nộp thuế và các tổ chức, cá nhân có liên quan, bao gồm:

- Giao dịch giữa người nộp thuế và cơ quan thuế, như:

+ Thực hiện các thủ tục hành chính về thuế.

+ Gửi, tiếp nhận hồ sơ, thông báo, quyết định hành chính và kết quả giải quyết.

+ Thực hiện kiểm tra thuế theo quy định.

+ Cung cấp các dịch vụ hỗ trợ người nộp thuế thực hiện quyền và nghĩa vụ về thuế.

- Giao dịch giữa cơ quan thuế với các cơ quan nhà nước và tổ chức liên quan, phục vụ việc:

+ Giải quyết thủ tục hành chính theo cơ chế một cửa liên thông.

+ Trao đổi, cung cấp thông tin phục vụ công tác quản lý thuế.

- Kết nối hệ thống thông tin giữa Hệ thống thông tin quản lý thuế và tổ chức cung cấp dịch vụ T-VAN để thực hiện giao dịch thuế điện tử.

Đối với giao dịch điện tử về hóa đơn, chứng từ, Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định thực hiện theo các quy định của Chính phủ về hóa đơn điện tử và chứng từ điện tử.

Việc bổ sung các quy định này góp phần chuẩn hóa quy trình giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế, tạo cơ sở pháp lý thống nhất cho việc tiếp nhận, xử lý hồ sơ và trao đổi dữ liệu giữa cơ quan thuế với người nộp thuế cũng như các cơ quan, tổ chức liên quan.

1.3. Thay thế một số biểu mẫu khai thuế đối với hộ, cá nhân kinh doanh

Căn cứ Điều 99, Thông tư 89/2026/TT-BTC, từ ngày 01/7/2026, một số biểu mẫu khai thuế đang áp dụng đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh sẽ được thay thế bằng các mẫu mới ban hành kèm theo Thông tư này.

Cụ thể, các mẫu biểu sau đây sẽ không tiếp tục sử dụng theo mẫu cũ:

- Mẫu 01/TKN-CNKD ban hành kèm theo Thông tư 50/2026/TT-BTC.

- Các mẫu 02/CNKD-TNCN-QTT, 01/XSBHĐC, 01/BK-XSBHĐC, 01/TCKT, 01/BK-KTHTKD ban hành kèm theo Thông tư 18/2026/TT-BTC.

Thay vào đó, người nộp thuế sẽ thực hiện kê khai theo các mẫu biểu tương ứng được quy định tại Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Việc thay thế và chuẩn hóa hệ thống biểu mẫu nhằm đồng bộ với Luật Quản lý thuế 2025, Nghị định 252/2026/NĐ-CP và các quy định mới về quản lý thuế đối với hộ, cá nhân kinh doanh, đồng thời tạo thuận lợi cho việc kê khai, nộp thuế và xử lý dữ liệu trên hệ thống quản lý thuế điện tử.

1.4. Khai thuế TNCN theo quý, không còn khai theo tháng đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công

Căn cứ Điều 22, Thông tư 89/2026/TT-BTC, từ ngày 01/7/2026, việc khai thuế thu nhập cá nhân đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công có sự thay đổi đáng chú ý.

Theo quy định mới, tổ chức, cá nhân trả thu nhập chỉ thực hiện:

- Khai thuế theo quý đối với số thuế thu nhập cá nhân đã khấu trừ của người lao động.

- Quyết toán thuế theo năm, đồng thời thực hiện quyết toán thay cho cá nhân có ủy quyền theo quy định.

Như vậy, Thông tư 89/2026/TT-BTC đã bãi bỏ việc khai thuế TNCN theo tháng đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công như trước đây. Việc chuyển sang khai theo quý giúp đơn giản hóa thủ tục hành chính, giảm số lần kê khai trong năm và tạo thuận lợi cho doanh nghiệp, tổ chức chi trả thu nhập trong quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế.

1.5. Phân loại người nộp thuế theo mức độ tuân thủ và rủi ro

Căn cứ Điều 4, Thông tư 89/2026/TT-BTC, cơ quan thuế thực hiện đánh giá, phân loại người nộp thuế theo mức độ tuân thủ pháp luật về thuế và mức độ rủi ro, làm cơ sở áp dụng các biện pháp quản lý phù hợp theo Luật Quản lý thuế 2025.

Việc phân loại được thực hiện dựa trên nhiều tiêu chí như:

- Địa bàn hoạt động.

- Quy mô doanh nghiệp.

- Ngành nghề sản xuất, kinh doanh.

- Lịch sử và mức độ tuân thủ pháp luật về thuế.

- Mức độ rủi ro về thuế.

Trên cơ sở kết quả đánh giá, cơ quan thuế áp dụng các biện pháp quản lý tương ứng:

- Người nộp thuế tuân thủ tốt, rủi ro thấp: Được ưu tiên trong quản lý thuế.

- Người nộp thuế có mức tuân thủ và rủi ro trung bình: Được hỗ trợ, hướng dẫn và tham gia các chương trình nâng cao tuân thủ tự nguyện.

- Người nộp thuế tuân thủ thấp hoặc rủi ro cao: Bị tăng cường cảnh báo, giám sát, kiểm tra và áp dụng các biện pháp quản lý phù hợp.

- Người nộp thuế không tuân thủ: Thuộc diện giám sát trọng điểm về thuế.

Quy định này giúp cơ quan thuế chuyển dần từ phương thức quản lý đồng loạt sang quản lý dựa trên mức độ tuân thủ và rủi ro, đồng thời khuyến khích người nộp thuế thực hiện nghĩa vụ thuế đầy đủ, tự nguyện.

1.6. Bổ sung các trường hợp không phải nộp hồ sơ đề nghị miễn, giảm thuế

Theo Điều 66, Thông tư 89/2026/TT-BTC, Bộ Tài chính đã mở rộng các trường hợp người nộp thuế không phải thực hiện thủ tục, hồ sơ đề nghị miễn, giảm thuế, góp phần đơn giản hóa thủ tục hành chính trong lĩnh vực thuế.

Các trường hợp đáng chú ý gồm:

- Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN): Không phải nộp hồ sơ đối với các trường hợp được hưởng ưu đãi thuế suất, miễn, giảm thuế và thu nhập miễn thuế theo Luật Thuế TNDN và các Nghị quyết của Quốc hội.

- Thuế thu nhập cá nhân (TNCN): Không phải nộp hồ sơ đối với các trường hợp được miễn, giảm thuế theo Luật Thuế TNCN, các Nghị quyết của Quốc hội, bao gồm thu nhập của chuyên gia tham gia dự án khởi nghiệp sáng tạo.

- Miễn thuế TNCN đối với cá nhân có số thuế phải nộp sau quyết toán từ 50.000 đồng trở xuống.

- Miễn thuế và một số khoản phí đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh có tổng số thuế phải nộp trong năm từ 50.000 đồng trở xuống.

- Thuế sử dụng đất phi nông nghiệp của hộ gia đình, cá nhân có số thuế phải nộp hằng năm từ 50.000 đồng trở xuống, cùng một số trường hợp miễn thuế khác theo Luật Thuế sử dụng đất phi nông nghiệp.

Điểm mới đáng chú ý là người nộp thuế thuộc các trường hợp nêu trên không phải lập và nộp hồ sơ đề nghị miễn, giảm thuế, qua đó giảm thủ tục hành chính và thời gian thực hiện nghĩa vụ thuế.

2. Quy định về hồ sơ và giao dịch điện tử theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

Thông tư 89/2026/TT-BTC bổ sung, hoàn thiện một số quy định liên quan đến hồ sơ, chứng từ và giao dịch điện tử mà người nộp thuế cần lưu ý khi thực hiện thủ tục thuế từ ngày 01/7/2026.

2.1. Không còn quy định riêng về lập hồ sơ khai thuế bằng phần mềm hỗ trợ kê khai

Căn cứ Điều 8, Thông tư 89/2026/TT-BTC, từ ngày 01/7/2026, việc lập và gửi hồ sơ, chứng từ điện tử được thực hiện thông qua các hệ thống thông tin điện tử theo quy định, gồm:

- Cổng Dịch vụ công quốc gia.

- Hệ thống thông tin quản lý thuế.

- Hệ thống của tổ chức cung cấp dịch vụ T-VAN.

- Hệ thống dịch vụ công trực tuyến của cơ quan nhà nước có thẩm quyền hoặc các hệ thống thanh toán điện tử có kết nối với Hệ thống thông tin quản lý thuế.

So với Điểm b, Khoản 5, Điều 4, Thông tư 19/2021/TT-BTC, Thông tư 89/2026/TT-BTC không còn quy định riêng về việc lập hồ sơ khai thuế bằng phần mềm, công cụ hỗ trợ kê khai mà thống nhất thực hiện theo các hệ thống giao dịch thuế điện tử nêu trên.

2.2. Người nộp thuế không phải nộp lại giấy tờ cơ quan thuế đã có

Căn cứ Khoản 2 và Khoản 3, Điều 6, Thông tư 89/2026/TT-BTC, từ ngày 01/7/2026, cơ quan thuế không được yêu cầu người nộp thuế cung cấp lại thông tin, giấy tờ đã có trong cơ sở dữ liệu của cơ quan thuế hoặc đã được chia sẻ từ cơ sở dữ liệu của cơ quan nhà nước có thẩm quyền, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác.

Bên cạnh đó, cơ quan thuế được phép tự động tạo một số thông tin trên hồ sơ khai thuế từ dữ liệu đã có trên hệ thống để hỗ trợ người nộp thuế thực hiện thủ tục hành chính. Người nộp thuế chỉ cần kiểm tra, xác nhận và chịu trách nhiệm về tính chính xác của nội dung trước khi gửi hồ sơ.

Quy định này góp phần đẩy mạnh khai thác dữ liệu số, hạn chế việc phải nộp lặp lại giấy tờ đã có, qua đó giảm thời gian, chi phí thực hiện thủ tục và nâng cao hiệu quả giải quyết hồ sơ thuế theo hướng điện tử hóa.

2.3. 05 trường hợp được nộp hồ sơ, chứng từ bản giấy

Căn cứ Khoản 5, Điều 8 và Điểm b, Khoản 1, Điều 12 Thông tư 89/2026/TT-BTC, người nộp thuế chỉ được nộp hồ sơ, chứng từ bản giấy trong các trường hợp sau:

- Người cao tuổi.

- Người khuyết tật.

- Người thuộc diện bảo trợ xã hội.

- Người cư trú tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn, không thể thực hiện giao dịch điện tử.

- Trường hợp khác không thể thực hiện giao dịch điện tử theo quy định của pháp luật.

Ngoài ra, nếu đến hạn nộp hồ sơ nhưng hệ thống hạ tầng kỹ thuật của người nộp thuế chưa khắc phục được sự cố, người nộp thuế được nộp hồ sơ bản giấy trực tiếp, qua bưu chính và nộp tiền thuế trực tiếp tại tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán hoặc Kho bạc Nhà nước theo quy định.

2.4. Không được gửi trùng lặp hồ sơ, chứng từ điện tử

Căn cứ Điểm a, Khoản 5, Điều 8 Thông tư 89/2026/TT-BTC, đối với cùng một thủ tục hành chính, trong cùng một khoảng thời gian, người nộp thuế không được gửi trùng lặp hồ sơ, chứng từ qua nhiều phương thức giao dịch điện tử khác nhau.

Quy định này không áp dụng trong trường hợp Hệ thống thông tin điện tử phục vụ giao dịch thuế điện tử gặp sự cố.

Việc bổ sung quy định này nhằm tránh tình trạng nộp trùng hồ sơ, đồng thời bảo đảm quá trình tiếp nhận, xử lý hồ sơ thuế được thống nhất và hiệu quả hơn.

3. Quy định về gia hạn nộp hồ sơ khai thuế theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

Căn cứ Điều 18, Thông tư 89/2026/TT-BTC, người nộp thuế thuộc trường hợp được gia hạn theo khoản 4 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025 được thực hiện thủ tục gia hạn nộp hồ sơ khai thuế.

Theo đó:

- Người nộp thuế gửi hồ sơ đề nghị gia hạn đến cơ quan thuế nơi tiếp nhận hồ sơ khai thuế.

- Hồ sơ gia hạn thực hiện theo mẫu tại điểm 3 Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.

- Sau khi tiếp nhận hồ sơ, cơ quan thuế thực hiện thông báo tiếp nhận hoặc không tiếp nhận theo quy định.

- Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ, cơ quan thuế gửi Thông báo chấp nhận hoặc không chấp nhận gia hạn theo Mẫu số 01/TB-GHKT ban hành kèm theo Phụ lục V Thông tư 89/2026/TT-BTC.

- Trường hợp hồ sơ được nộp điện tử, thông báo của cơ quan thuế cũng được gửi qua chính hệ thống điện tử mà người nộp thuế đã sử dụng để nộp hồ sơ.

Đây là lần đầu Thông tư 89/2026/TT-BTC hướng dẫn cụ thể trình tự, hồ sơ và thời hạn giải quyết thủ tục gia hạn nộp hồ sơ khai thuế theo Luật Quản lý thuế 2025.

Thông tư 89/2026/TT-BTC đã cụ thể hóa nhiều nội dung quan trọng của Luật Quản lý thuế 2025 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP, đồng thời thay thế hàng loạt quy định cũ trong lĩnh vực quản lý thuế.

Người nộp thuế, doanh nghiệp và hộ kinh doanh cần cập nhật kịp thời các điểm mới để thực hiện đúng quy định, hạn chế rủi ro và bảo đảm tuân thủ pháp luật về thuế từ ngày 01/7/2026.

Dương Thúy.

Trong thời đại chuyển đổi số mạnh mẽ cùng với yêu cầu siết chặt quản lý thuế, Phần mềm hóa đơn điện tử E-invoice của Công ty Phát triển Công nghệ Thái Sơn là công cụ đắc lực giúp doanh nghiệp quản lý hóa đơn điện tử hiệu quả và đúng quy định. Theo đó, giúp doanh nghiệp tối ưu quy trình kế toán, giảm thiểu sai sót và nâng cao hiệu quả hoạt động. Liên hệ ngay theo đường dây nóng 24/7 để được tư vấn và dùng thử hoàn toàn MIỄN PHÍ: - Miền Bắc: 1900 4767. - Miền Nam/Trung: 1900 4768.