Thông tư 89/2026/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 01/7/2026, hướng dẫn chi tiết việc khai thuế, tính thuế và sử dụng hệ thống biểu mẫu mới. Đối với kế toán, việc xác định đúng kỳ khai và thời hạn nộp hồ sơ là yêu cầu quan trọng để hạn chế tình trạng nộp chậm, sử dụng sai mẫu hoặc kê khai không đúng kỳ.

1. Cần phân biệt kỳ khai thuế và thời hạn nộp hồ sơ

Khi nói đến “thời gian khai thuế”, kế toán cần phân biệt hai khái niệm:

• Kỳ khai thuế: tháng, quý, năm hoặc từng lần phát sinh.
• Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế: ngày cuối cùng người nộp thuế phải gửi hồ sơ đến cơ quan thuế.

Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định kỳ khai đối với từng sắc thuế và trường hợp phát sinh. Thời hạn nộp hồ sơ được thực hiện theo Luật Quản lý thuế và Điều 10 Nghị định 252/2026/NĐ-CP.

2. Tổng hợp thời hạn nộp hồ sơ khai thuế

Riêng trường hợp phải khai và nộp thuế trước khi được cơ quan thuế cấp hóa đơn điện tử có mã theo từng lần phát sinh, người nộp thuế phải hoàn thành nghĩa vụ trước khi được cấp hóa đơn. Xem quy định tổng hợp về thời hạn khai thuế

2.1. Thời gian khai thuế giá trị gia tăng

Theo Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC, thuế giá trị gia tăng (GTGT) về nguyên tắc được khai theo tháng. Doanh nghiệp được lựa chọn khai theo quý nếu tổng doanh thu bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ của năm trước liền kề từ 50 tỷ đồng trở xuống.

Doanh nghiệp mới bắt đầu hoạt động cũng được lựa chọn khai thuế GTGT theo quý. Sau khi hoạt động đủ 12 tháng, doanh nghiệp căn cứ doanh thu của năm dương lịch trước liền kề để xác định lại kỳ khai.

Ví dụ, hồ sơ khai thuế GTGT tháng 7/2026 phải nộp chậm nhất ngày 20/8/2026. Hồ sơ khai thuế GTGT quý III/2026 phải nộp chậm nhất ngày 31/10/2026.

Doanh nghiệp đáp ứng điều kiện và muốn chuyển từ khai theo tháng sang khai theo quý phải gửi mẫu 01/ĐK-TĐKTT đến cơ quan thuế chậm nhất ngày 31/01 của năm bắt đầu khai theo quý. Kỳ khai đã lựa chọn được áp dụng ổn định trong cả năm dương lịch. Điều 19, Thông tư 89/2026/TT-BTC

2.2. Thời gian khai thuế thu nhập cá nhân

Một điểm kế toán tiền lương cần đặc biệt chú ý là từ ngày 01/7/2026, tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công thực hiện khai số thuế thu nhập cá nhân (TNCN) đã khấu trừ theo quý và quyết toán theo năm.

Tổ chức trả thu nhập vẫn phải thực hiện quyết toán thuế TNCN theo năm, kể cả trường hợp không phát sinh số thuế phải khấu trừ, trừ những trường hợp được pháp luật quy định không phải quyết toán. Điều 22 Thông tư 89/2026/TT-BTC

2.3. Thời gian khai thuế thu nhập doanh nghiệp

Doanh nghiệp không phải nộp tờ khai thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) tạm tính theo quý nhưng vẫn phải tự xác định và nộp số thuế TNDN tạm nộp theo quy định.

Hồ sơ quyết toán thuế TNDN năm phải được nộp chậm nhất vào ngày cuối cùng của tháng thứ ba kể từ ngày kết thúc năm dương lịch hoặc năm tài chính.

Việc không phải nộp tờ khai quý không có nghĩa doanh nghiệp được chờ đến cuối năm mới thực hiện nghĩa vụ thuế TNDN.

3. Hồ sơ của kỳ trước ngày 01/7/2026 áp dụng mẫu nào?

Điều 100 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định hồ sơ có kỳ tính thuế trước ngày 01/7/2026 tiếp tục sử dụng mẫu biểu áp dụng trước thời điểm Thông tư có hiệu lực.

Cụ thể:

• Kỳ khai tháng 6/2026: Sử dụng biểu mẫu cũ.
• Kỳ khai quý II/2026: Sử dụng biểu mẫu cũ.
• Kỳ khai tháng 7/2026 trở đi: Sử dụng biểu mẫu theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.
• Kỳ khai quý III/2026 trở đi: Sử dụng biểu mẫu theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Như vậy, căn cứ lựa chọn mẫu là kỳ tính thuế, không chỉ dựa vào ngày thực tế nộp hồ sơ. Quy định chuyển tiếp tại Điều 100

4. Những lưu ý giúp kế toán hạn chế nộp chậm hồ sơ

Kế toán cần bám sát Thông tư 89/2026/TT-BTC (hướng dẫn hồ sơ, biểu mẫu và thủ tục quản lý thuế) kết hợp với Điều 10 Nghị định 252/2026/NĐ-CP (quy định thời hạn nộp hồ sơ khai thuế. Những lỗi khá phổ biến như sau:

Để chủ động tuân thủ thời hạn khai thuế, kế toán nên:

• Lập lịch khai thuế riêng cho từng sắc thuế và từng đơn vị phụ thuộc.
• Kiểm tra doanh nghiệp thuộc kỳ khai tháng hay quý.
• Cập nhật phần mềm kê khai và biểu mẫu theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.
• Hoàn thành đối chiếu hóa đơn, doanh thu và chứng từ trước hạn tối thiểu 3–5 ngày.
• Theo dõi thông báo tiếp nhận và chấp nhận hồ sơ của cơ quan thuế.
• Không nhầm thời hạn nộp hồ sơ với thời hạn nộp tiền thuế.
• Kiểm tra riêng các hoạt động phải khai theo từng lần phát sinh hoặc phân bổ cho nhiều địa phương.

Thông tư 89/2026/TT-BTC tạo ra một số thay đổi đáng chú ý về kỳ khai và biểu mẫu thuế từ ngày 01/7/2026, đặc biệt đối với thuế GTGT và thuế TNCN. Kế toán cần xác định đúng kỳ khai, thời hạn nộp hồ sơ và bộ mẫu áp dụng cho từng giai đoạn.