Ngày 30/6/2026, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 86/2026/TT-BTC quy định về quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu. Thông tư có hiệu lực từ ngày 01/7/2026. Dưới đây là tổng hợp những điểm mới về quản lý thuế mà doanh nghiệp cần lưu ý.

Mục Lục 1. Thông tư 86/2026/TT-BTC có gì mới? 7 nội dung doanh nghiệp cần biết 2. Doanh nghiệp cần lưu ý gì khi áp dụng Thông tư 86/2026/TT-BTC?

1. Thông tư 86/2026/TT-BTC có gì mới? 7 nội dung doanh nghiệp cần biết

Thông tư 86/2026/TT-BTC quy định nhiều nội dung liên quan đến quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu. Trong đó, doanh nghiệp cần lưu ý 7 nội dung đáng chú ý dưới đây để thực hiện đúng quy định khi làm thủ tục với cơ quan hải quan.

1.1. Quy định cụ thể về hình thức nộp hồ sơ khai thuế

Theo Khoản 4, Điều 3, Thông tư 86/2026/TT-BTC, người nộp thuế có thể thực hiện nộp hồ sơ khai thuế theo 02 hình thức gồm: nộp hồ sơ điện tử và nộp hồ sơ giấy.

- Đối với hồ sơ điện tử, người nộp thuế thực hiện khai đầy đủ, chính xác các thông tin trên tờ khai hải quan cùng các chứng từ, tài liệu liên quan thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan theo các chỉ tiêu thông tin quy định tại Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư. Trường hợp hệ thống chưa hỗ trợ khai báo đầy đủ các chỉ tiêu thông tin, người nộp thuế được gửi bản chụp các chứng từ, tài liệu thuộc hồ sơ khai thuế đã được ký số thông qua hệ thống để hoàn thiện hồ sơ.

- Đối với hồ sơ giấy, người nộp thuế thực hiện theo quy định của pháp luật về hải quan. Trường hợp Thông tư yêu cầu nộp bản chính thì người nộp thuế có thể nộp trực tiếp hoặc gửi qua đường bưu chính đến cơ quan hải quan. Nếu Thông tư không quy định phải nộp bản chính thì được phép nộp bản chụp.

1.2. Làm rõ 03 nhóm trường hợp không phải khai thuế theo từng lần phát sinh

Thông tư 86/2026/TT-BTC đã quy định cụ thể 03 nhóm trường hợp người nộp thuế không phải khai thuế theo từng lần phát sinh đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

- Một số loại hàng hóa đặc thù: Theo quy định tại Khoản 2, Điều 3, Thông tư 86/2026/TT-BTC, người nộp thuế không phải khai thuế theo từng lần phát sinh đối với các loại hàng hóa sau:

+ Điện năng xuất khẩu, nhập khẩu;

+ Hàng hóa bán trong khu vực cách ly tại các sân bay quốc tế (trừ hàng hóa đưa vào bán tại cửa hàng miễn thuế theo quy định của pháp luật);

+ Hàng hóa cung cấp cho hành khách trên các chuyến bay tuyến quốc tế;

+ Xăng, dầu cung ứng cho tàu bay xuất cảnh theo quy định của pháp luật về hải quan.

- Giao dịch giữa doanh nghiệp ưu tiên và đối tác: Thông tư cũng quy định không phải khai thuế theo từng lần phát sinh đối với các hoạt động: Mua bán; gia công; thuê, mượn; giao nhận hàng hóa giữa doanh nghiệp ưu tiên và đối tác theo quy định

- Các trường hợp khác theo quy định của pháp luật hải quan: Ngoài hai nhóm trường hợp nêu trên, người nộp thuế cũng không phải khai thuế theo từng lần phát sinh đối với các trường hợp khác được pháp luật về hải quan quy định.

Lưu ý: Việc không phải khai thuế theo từng lần phát sinh không đồng nghĩa với việc được miễn thực hiện nghĩa vụ thuế. Người nộp thuế vẫn phải thực hiện đầy đủ việc khai, tổng hợp và nộp thuế theo thời hạn và phương thức áp dụng đối với từng trường hợp theo quy định của pháp luật.

1.3. Quy định thời hạn nộp thuế đối với số tiền thuế phát sinh sau thông quan

Theo Điều 4, Thông tư 86/2026/TT-BTC, ngoài nguyên tắc thời hạn nộp thuế khai bổ sung được xác định theo thời hạn nộp thuế của tờ khai hải quan ban đầu, Thông tư còn quy định riêng đối với một số trường hợp phát sinh số tiền thuế phải nộp tăng thêm.

Cụ thể:

- Đối với hàng hóa phải phân tích, phân loại hoặc giám định, người nộp thuế thực hiện tạm nộp thuế theo mã số, thuế suất đã khai báo trước khi giải phóng hàng hóa. Trường hợp kết quả phân tích, phân loại hoặc giám định làm tăng số thuế phải nộp, người nộp thuế phải khai bổ sung và nộp số thuế chênh lệch trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan hải quan yêu cầu khai bổ sung thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.

- Đối với hàng hóa chưa có giá chính thức tại thời điểm đăng ký tờ khai, người nộp thuế thực hiện tạm nộp thuế theo giá tạm tính. Khi có giá chính thức làm phát sinh số thuế phải nộp tăng thêm, người nộp thuế phải khai bổ sung và nộp số thuế chênh lệch trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ thời điểm có giá chính thức.

- Đối với các khoản phí bản quyền, phí giấy phép hoặc các khoản điều chỉnh cộng vào trị giá hải quan chưa xác định được tại thời điểm đăng ký tờ khai, thời hạn nộp số thuế phát sinh là 05 ngày làm việc kể từ ngày người nộp thuế xác định được các khoản này trên chứng từ thanh toán và các chứng từ, tài liệu có liên quan.

1.4. Làm rõ cách xác định ngày nộp thuế và xử lý tiền chậm nộp

Theo Thông tư 86/2026/TT-BTC, đối với trường hợp nộp thuế bằng phương thức điện tử, ngày nộp thuế được xác định là ngày giao dịch trích tiền từ tài khoản của người nộp thuế hoặc người nộp thay được tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán xác nhận thành công.

Bên cạnh đó, Thông tư cũng làm rõ cách xử lý tiền chậm nộp trong trường hợp người nộp thuế đề nghị bù trừ khoản tiền đã nộp thừa với khoản còn phải nộp.

Theo đó, người nộp thuế không bị tính tiền chậm nộp tương ứng với số tiền được bù trừ trong khoảng thời gian từ ngày phát sinh khoản nộp thừa đến ngày cơ quan quản lý thuế thực hiện bù trừ theo quy định.

1.5. Quy định về gia hạn nộp thuế và miễn tiền chậm nộp

Thông tư 86/2026/TT-BTC hướng dẫn cụ thể hơn về hồ sơ, trình tự và thẩm quyền giải quyết đối với việc gia hạn nộp thuế.

Theo quy định, người nộp thuế có thể được xem xét gia hạn nộp thuế khi thuộc các trường hợp như thiên tai, thảm họa, dịch bệnh, hỏa hoạn, tai nạn bất ngờ, trường hợp bất khả kháng hoặc phải di dời cơ sở sản xuất, kinh doanh theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền.

Ngoài ra, trong thời gian được gia hạn, người nộp thuế không phải nộp tiền chậm nộp đối với số tiền thuế được gia hạn.

Đối với hồ sơ đề nghị miễn tiền chậm nộp, cơ quan hải quan có trách nhiệm kiểm tra tính đầy đủ của hồ sơ, yêu cầu bổ sung khi cần thiết và ban hành quyết định miễn hoặc thông báo không chấp thuận theo thời hạn quy định.

Bài viết tham khảo: Tìm hiểu về cách tính thuế xuất nhập khẩu theo giá CIF. Cách tính thuế xuất nhập khẩu theo giá FOB.

1.6. Quy định cụ thể hơn về xử lý tiền nộp thừa và hoàn thuế

Theo quy định, hồ sơ xử lý các khoản nộp thừa được thực hiện chủ yếu thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan. Trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt hoặc các khoản phải nộp khác thì cơ quan hải quan thực hiện bù trừ khoản được hoàn với khoản còn nợ trước khi hoàn trả phần tiền còn lại theo quy định.

Bên cạnh đó, Thông tư hướng dẫn cụ thể việc tiếp nhận, phân loại hồ sơ hoàn thuế; xác định trường hợp hoàn thuế trước, kiểm tra sau hoặc kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo quy định; đồng thời quy định việc kiểm tra sau hoàn thuế đối với các trường hợp thuộc diện áp dụng.

Những quy định này là căn cứ để cơ quan hải quan và người nộp thuế thực hiện việc xử lý tiền nộp thừa và hoàn thuế theo đúng trình tự, thủ tục được quy định.

1.7. Làm rõ quy định về miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế và bổ sung biểu mẫu quản lý thuế

Thông tư 86/2026/TT-BTC hướng dẫn cụ thể hồ sơ, thủ tục miễn thuế, giảm thuế và không thu thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định của pháp luật.

Một số trường hợp được hướng dẫn về hồ sơ, thủ tục miễn thuế gồm: tài sản di chuyển; hàng hóa gia công; hàng hóa tạm nhập, tái xuất hoặc tạm xuất, tái nhập; hàng hóa phục vụ dự án ưu đãi đầu tư và các trường hợp khác thuộc diện miễn thuế theo quy định.

Đồng thời, Thông tư quy định cụ thể hơn về việc thông báo, điều chỉnh, theo dõi Danh mục hàng hóa miễn thuế; trừ lùi số lượng hàng hóa miễn thuế và báo cáo tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế.

Theo quy định, người nộp thuế tự xác định và kê khai số tiền thuế được miễn trên tờ khai hải quan, đồng thời chịu trách nhiệm trước pháp luật về nội dung khai báo. Cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra hồ sơ, đối chiếu điều kiện để xử lý miễn thuế, giảm thuế hoặc không thu thuế theo quy định.

Bên cạnh đó, Thông tư 86/2026/TT-BTC ban hành kèm theo hệ thống biểu mẫu phục vụ công tác quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu và quy định việc áp dụng đối với các hồ sơ chuyển tiếp, góp phần bảo đảm việc triển khai thống nhất sau khi Thông tư có hiệu lực.

2. Doanh nghiệp cần lưu ý gì khi áp dụng Thông tư 86/2026/TT-BTC?

Để thực hiện đúng các quy định tại Thông tư 86/2026/TT-BTC, doanh nghiệp có hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu nên chủ động rà soát và cập nhật quy trình quản lý thuế, trong đó cần lưu ý một số nội dung sau:

- Rà soát quy trình khai thuế và nộp hồ sơ khai thuế, bảo đảm hồ sơ điện tử được lập đầy đủ theo các chỉ tiêu thông tin quy định; trường hợp hệ thống chưa hỗ trợ khai báo đầy đủ thì thực hiện nộp chứng từ theo đúng hình thức quy định.

- Theo dõi các trường hợp phát sinh số tiền thuế phải nộp sau khi thông quan, như hàng hóa phải phân tích, phân loại, giám định; hàng hóa có giá chính thức sau khi đăng ký tờ khai hoặc phát sinh các khoản điều chỉnh cộng vào trị giá hải quan để thực hiện khai bổ sung và nộp thuế đúng thời hạn.

- Cập nhật quy định về gia hạn nộp thuế, miễn tiền chậm nộp, xử lý tiền nộp thừa và hoàn thuế nhằm chuẩn bị đầy đủ hồ sơ khi phát sinh các trường hợp thuộc diện được giải quyết theo quy định.

- Rà soát Danh mục hàng hóa miễn thuế, việc trừ lùi, điều chỉnh danh mục và báo cáo tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế để bảo đảm thực hiện đúng quy định.

- Cập nhật các biểu mẫu ban hành kèm theo Thông tư 86/2026/TT-BTC và áp dụng đúng đối với các thủ tục quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Thông tư 86/2026/TT-BTC chính thức có hiệu lực từ ngày 01/7/2026. Việc chủ động cập nhật các quy định mới, rà soát quy trình quản lý thuế và áp dụng đúng các biểu mẫu, thủ tục theo Thông tư sẽ giúp doanh nghiệp thực hiện đúng nghĩa vụ thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, đồng thời hạn chế những vướng mắc phát sinh trong quá trình làm thủ tục hải quan.

Nguyệt Nga.

Trong thời đại chuyển đổi số mạnh mẽ cùng với yêu cầu siết chặt quản lý thuế, Phần mềm hóa đơn điện tử E-invoice của Công ty Phát triển Công nghệ Thái Sơn là công cụ đắc lực giúp doanh nghiệp quản lý hóa đơn điện tử hiệu quả và đúng quy định. Theo đó, giúp doanh nghiệp tối ưu quy trình kế toán, giảm thiểu sai sót và nâng cao hiệu quả hoạt động. Liên hệ ngay theo đường dây nóng 24/7 để được tư vấn và dùng thử hoàn toàn MIỄN PHÍ: - Miền Bắc: 1900 4767. - Miền Nam/Trung: 1900 4768.