Thông tư 89/2026/TT-BTC của Bộ Tài chính đã hướng dẫn chi tiết cách thức khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong một số trường hợp theo quy định mới về quản lý thuế. Người nộp thuế cần lưu ý cách xử lý khi phát hiện sai, sót trong hồ sơ đã nộp, thời điểm thực hiện khai bổ sung và các trường hợp có thể bị xử lý vi phạm do chậm nộp hồ sơ khai thuế.

Mục Lục 1. Cách thức khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo Thông tư 89/2026/TT-BTC 2. Mẫu tờ khai bổ sung hồ sơ khai thuế mới nhất theo Thông tư 89/2026/TT-BTC 3. Trường hợp nào chậm nộp hồ sơ khai thuế chỉ bị phạt cảnh cáo?

1. Cách thức khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

Thông tư 89/2026/TT-BTC hướng dẫn việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo quy định tại Điều 12, Nghị định 252/2026/NĐ-CP. Tùy từng sắc thuế và từng thời điểm phát hiện sai sót, người nộp thuế sẽ thực hiện khai bổ sung theo nguyên tắc khác nhau.

1.1. Khai bổ sung hồ sơ khai thuế khi chưa hoặc đã nộp quyết toán thuế

Đối với các khoản thuế phải quyết toán theo năm, cách thức khai bổ sung phụ thuộc vào việc người nộp thuế đã nộp hồ sơ quyết toán hay chưa.

Cụ thể:

- Trường hợp chưa nộp hồ sơ khai quyết toán thuế: Người nộp thuế thực hiện khai bổ sung đối với hồ sơ khai thuế của tháng hoặc quý có sai sót, đồng thời tổng hợp các số liệu đã điều chỉnh vào hồ sơ khai quyết toán thuế.

- Trường hợp đã nộp hồ sơ khai quyết toán thuế: Người nộp thuế chỉ thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai quyết toán thuế, trừ trường hợp khai bổ sung quyết toán thuế thu nhập cá nhân của tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công theo quy định riêng.

1.2. Khai bổ sung quyết toán thuế thu nhập cá nhân đối với đơn vị trả thu nhập

Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định riêng đối với tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công khi phát hiện sai sót trong hồ sơ quyết toán thuế thu nhập cá nhân.

Theo đó, khi khai bổ sung hồ sơ quyết toán thuế thu nhập cá nhân, người nộp thuế đồng thời phải khai bổ sung hồ sơ khai thuế của quý có sai sót tương ứng, không phân biệt đã nộp hay chưa nộp hồ sơ quyết toán thuế.

Quy định này nhằm bảo đảm số liệu giữa hồ sơ khai thuế theo quý và hồ sơ quyết toán thuế được thống nhất.

1.3. Khai bổ sung hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng

Đối với thuế giá trị gia tăng (GTGT), Thông tư 89 hướng dẫn nhiều trường hợp khai bổ sung tương ứng với từng tình huống phát sinh.

1.3.1. Trường hợp chỉ làm tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau

Nếu việc khai bổ sung chỉ làm tăng số thuế GTGT chưa khấu trừ hết được chuyển sang kỳ sau (trừ trường hợp phát hiện sai sót về kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào), người nộp thuế:

- Lập hồ sơ khai bổ sung của kỳ tính thuế có sai sót.

- Kê khai số thuế được điều chỉnh tăng vào chỉ tiêu "Điều chỉnh tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước" trên tờ khai GTGT của kỳ phát hiện sai sót.

1.3.2. Trường hợp làm giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau

Việc xử lý được chia thành các trường hợp sau:

- Chưa đề nghị hoàn thuế: Lập hồ sơ khai bổ sung của kỳ tính thuế có sai sót và kê khai số thuế điều chỉnh giảm vào chỉ tiêu "Điều chỉnh giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước" trên tờ khai của kỳ phát hiện sai sót.

- Đã đề nghị hoàn thuế nhưng chưa được hoàn và thuộc trường hợp hủy hồ sơ hoàn thuế: Người nộp thuế phải gửi văn bản đề nghị hủy hồ sơ hoàn thuế đến cơ quan thuế, đồng thời kê khai giảm chỉ tiêu đề nghị hoàn trên hồ sơ khai bổ sung. Nếu đáp ứng điều kiện khấu trừ, số thuế điều chỉnh giảm được kê khai vào chỉ tiêu "Điều chỉnh tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước".

- Đã được cơ quan thuế hoàn thuế theo diện hoàn trước: Người nộp thuế phải khai bổ sung giảm số thuế đề nghị hoàn, tăng số thuế thu hồi hoàn trên tờ khai bổ sung, đồng thời nộp lại số thuế thu hồi hoàn và tiền chậm nộp theo quy định. Trường hợp đủ điều kiện khấu trừ, số thuế điều chỉnh giảm tiếp tục được kê khai vào chỉ tiêu "Điều chỉnh tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước".

1.3.3. Trường hợp làm thay đổi số thuế GTGT phải nộp

Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định hai tình huống:

- Làm giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau, đồng thời làm tăng số thuế GTGT phải nộp: Người nộp thuế lập hồ sơ khai bổ sung, nộp phần thuế tăng thêm và tiền chậm nộp theo quy định. Phần thuế GTGT được khấu trừ điều chỉnh giảm được kê khai vào chỉ tiêu "Điều chỉnh giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước".

- Làm giảm số thuế GTGT phải nộp, đồng thời làm tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau: Người nộp thuế lập hồ sơ khai bổ sung. Phần thuế GTGT phải nộp được điều chỉnh giảm sẽ được giảm tiền chậm nộp (nếu có); nếu đã nộp vào ngân sách thì được xử lý bù trừ hoặc hoàn thuế theo quy định. Số thuế GTGT được khấu trừ tăng thêm được kê khai vào chỉ tiêu "Điều chỉnh tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước".

1.4. Khai bổ sung khi ảnh hưởng đồng thời tờ khai mẫu 01/GTGT và 02/GTGT

Đối với trường hợp việc khai bổ sung làm thay đổi nghĩa vụ thuế trên cả tờ khai mẫu số 01/GTGT và tờ khai mẫu số 02/GTGT, Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định riêng cách điều chỉnh tương ứng với từng tình huống.

Các trường hợp gồm:

- Điều chỉnh giảm thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất, kinh doanh dẫn đến phải điều chỉnh chỉ tiêu bù trừ thuế GTGT của dự án đầu tư.

- Điều chỉnh giảm thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư làm phát sinh nghĩa vụ nộp thêm thuế GTGT và tiền chậm nộp.

- Phát hiện sai sót trên tờ khai mẫu số 02/GTGT sau khi dự án đầu tư đã hoàn thành thì không khai bổ sung tờ khai mẫu số 02/GTGT, mà thực hiện điều chỉnh trực tiếp trên tờ khai mẫu số 01/GTGT của kỳ phát hiện sai sót theo đúng chỉ tiêu hướng dẫn.

1.5. Trường hợp không phải khai bổ sung hồ sơ khai thuế GTGT

Không phải mọi trường hợp phát sinh điều chỉnh đều phải lập hồ sơ khai bổ sung.

Theo Thông tư 89/2026/TT-BTC, trường hợp người nộp thuế được kế thừa số thuế GTGT còn được khấu trừ từ đơn vị do chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, chia, tách, sáp nhập, hợp nhất hoặc chấm dứt hoạt động đơn vị phụ thuộc thì:

- Không phải thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế.

- Căn cứ Thông báo chuyển nghĩa vụ thuế của cơ quan thuế để kê khai vào chỉ tiêu "Thuế GTGT nhận bàn giao được khấu trừ trong kỳ" trên tờ khai mẫu số 01/GTGT của kỳ tính thuế nhận được thông báo.

2. Mẫu tờ khai bổ sung hồ sơ khai thuế mới nhất theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

Từ ngày 01/7/2026, mẫu tờ khai bổ sung hồ sơ khai thuế được áp dụng thống nhất là Mẫu số 01/KHBS ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC. Đây là biểu mẫu để người nộp thuế kê khai khi phát hiện sai sót trên hồ sơ khai thuế đã được cơ quan thuế chấp nhận và thực hiện khai bổ sung theo quy định.

2.1. Mẫu 01/KHBS áp dụng từ ngày 01/7/2026

Mẫu số 01/KHBS được sử dụng trong các trường hợp người nộp thuế phải khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế, Nghị định 252/2026/NĐ-CP và hướng dẫn tại Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Biểu mẫu gồm các thông tin về:

- Kỳ tính thuế và loại tờ khai được khai bổ sung.

- Mã giao dịch điện tử của hồ sơ khai thuế có sai sót.

- Số lần khai bổ sung.

- Số thuế phải nộp, số thuế được khấu trừ, số thuế đề nghị hoàn hoặc số thuế thu hồi hoàn sau khi điều chỉnh.

- Tiền chậm nộp (nếu phát sinh).

2.2. Hướng dẫn điền một số chỉ tiêu quan trọng trên Mẫu 01/KHBS

Khi lập Mẫu 01/KHBS, người nộp thuế cần lưu ý một số chỉ tiêu sau:

- Chỉ tiêu [01]: Ký hiệu mẫu biểu

+ Ghi ký hiệu mẫu biểu của tờ khai thuế cần khai bổ sung.

- Chỉ tiêu [02]: Mã giao dịch điện tử

+ Ghi mã giao dịch điện tử của tờ khai lần đầu có sai sót và đã được gửi đến Cơ quan thuế.

- Chỉ tiêu [04]: Số lần khai bổ sung

+ Thể hiện thứ tự lần khai bổ sung của hồ sơ thuế so với tờ khai lần đầu đã được cơ quan thuế thông báo chấp nhận.

Ví dụ:

- Lần khai bổ sung đầu tiên ghi số 1.

- Nếu tiếp tục phát hiện sai sót và khai bổ sung lần nữa thì ghi số 2, 3... tương ứng.

Cách xác định các chỉ tiêu tại Phần A

Phần A dùng để xác định chênh lệch nghĩa vụ thuế sau khi khai bổ sung so với hồ sơ đã được cơ quan thuế chấp nhận trước đó.

Nguyên tắc xác định như sau:

- Khai bổ sung lần 1: So sánh với tờ khai lần đầu của cùng kỳ tính thuế.

- Khai bổ sung lần 2 trở đi: So sánh với lần khai bổ sung liền kề trước đó.

Ngoài ra, các chỉ tiêu được xác định theo Phụ lục 01-1/KHBS:

- Chỉ tiêu [10] + [11] = Chỉ tiêu [07] của Phụ lục 01-1/KHBS.

- Chỉ tiêu [12] = Chỉ tiêu [08] của Phụ lục 01-1/KHBS.

- Chỉ tiêu [13] = Chỉ tiêu [09] của Phụ lục 01-1/KHBS.

Cách kê khai Phần B về thu hồi hoàn thuế

Phần B chỉ áp dụng khi người nộp thuế tự phát hiện số thuế đã được hoàn không đúng quy định và phải hoàn trả ngân sách nhà nước.

Khi kê khai cần lưu ý:

- Xác định số tiền thu hồi hoàn trên cơ sở chênh lệch giữa lần khai bổ sung với hồ sơ được chấp nhận trước đó.

- Trường hợp có nhiều Quyết định hoàn thuế hoặc Lệnh hoàn thuế thì kê khai thành nhiều dòng tương ứng với từng khoản phải thu hồi.

- Chỉ tiêu [14] được xác định theo quy định tại Điểm b, Khoản 1, Điều 26 Nghị định 252/2026/NĐ-CP.

Tải Mẫu số 01/KHBS ban hành kèm Thông tư 89/2026/TT-BTC: Tại Đây.

3. Trường hợp nào chậm nộp hồ sơ khai thuế chỉ bị phạt cảnh cáo?

Không phải mọi trường hợp chậm nộp hồ sơ khai thuế đều bị xử phạt bằng tiền. Theo quy định về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế, người nộp thuế có thể chỉ bị phạt cảnh cáo nếu đáp ứng đủ điều kiện theo quy định.

Cụ thể, theo Điểm a, Khoản 1, Điều 13, Nghị định 125/2020/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung), hành vi nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn từ 01 ngày đến 05 ngày và có tình tiết giảm nhẹ sẽ bị phạt cảnh cáo thay vì phạt tiền.

Như vậy, để được áp dụng hình thức phạt cảnh cáo, người nộp thuế phải đáp ứng đồng thời hai điều kiện:

- Nộp hồ sơ khai thuế chậm từ 01 đến 05 ngày so với thời hạn quy định.

- Có ít nhất một tình tiết giảm nhẹ theo quy định của pháp luật về xử lý vi phạm hành chính.

Trường hợp không đáp ứng đủ hai điều kiện nêu trên hoặc thời gian chậm nộp vượt quá 05 ngày thì người nộp thuế sẽ bị xử phạt bằng tiền theo mức tương ứng quy định tại Nghị định 125/2020/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung).

Lưu ý: Việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo Thông tư 89/2026/TT-BTC không đồng nghĩa với việc được miễn xử phạt vi phạm hành chính. Nếu việc khai bổ sung được thực hiện sau thời hạn nộp hồ sơ hoặc làm phát sinh số thuế phải nộp tăng thêm thì người nộp thuế vẫn phải thực hiện các nghĩa vụ về xử phạt và tiền chậm nộp (nếu thuộc trường hợp phải áp dụng) theo quy định của pháp luật.

Thông tư 89/2026/TT-BTC đã hướng dẫn cụ thể cách thức khai bổ sung hồ sơ khai thuế, đồng thời ban hành Mẫu số 01/KHBS áp dụng thống nhất từ ngày 01/7/2026. Người nộp thuế cần xác định đúng trường hợp phát sinh sai sót, thực hiện khai bổ sung theo đúng quy định và sử dụng đúng biểu mẫu để bảo đảm hồ sơ thuế đầy đủ, chính xác, tránh các rủi ro về xử phạt và tiền chậm nộp.

Dương Thúy.

Trong thời đại chuyển đổi số mạnh mẽ cùng với yêu cầu siết chặt quản lý thuế, Phần mềm hóa đơn điện tử E-invoice của Công ty Phát triển Công nghệ Thái Sơn là công cụ đắc lực giúp doanh nghiệp quản lý hóa đơn điện tử hiệu quả và đúng quy định. Theo đó, giúp doanh nghiệp tối ưu quy trình kế toán, giảm thiểu sai sót và nâng cao hiệu quả hoạt động. Liên hệ ngay theo đường dây nóng 24/7 để được tư vấn và dùng thử hoàn toàn MIỄN PHÍ: - Miền Bắc: 1900 4767. - Miền Nam/Trung: 1900 4768.